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| 24.09.2016 | 17:00 | AS Trenčín | - | Slovan Bratislava | 2:1 (1:1) | |
| 19:00 | MFK Zemplín Michalovce | - | Spartak Myjava | annull. | ||
| 19:00 | FO ŽP Šport Podbrezová | - | MFK Ružomberok | 3:1 (1:0) | ||
| 19:00 | 1. FC Tatran Prešov | - | FC DAC 1904 | 0:3 (0:1) | ||
| 19:00 | FK Senica | - | Spartak Trnava | 0:1 (0:1) | ||
| 19:00 | Zlaté Moravce | - | MŠK Žilina | 0:2 (0:1) |
| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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MŠK Žilina | 9 | 7 | 1 | 1 | 23:8 | 15 | 22 |
| 2 |
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FO ŽP Šport Podbrezová | 9 | 6 | 3 | 0 | 12:3 | 9 | 21 |
| 3 |
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MFK Ružomberok | 9 | 4 | 2 | 3 | 20:14 | 6 | 14 |
| 4 |
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Slovan Bratislava | 9 | 4 | 2 | 3 | 12:12 | 0 | 14 |
| 5 |
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Spartak Trnava | 9 | 3 | 4 | 2 | 13:11 | 2 | 13 |
| 6 |
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AS Trenčín | 9 | 4 | 1 | 4 | 15:17 | -2 | 13 |
| 7 |
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FK Senica | 10 | 3 | 2 | 5 | 10:11 | -1 | 11 |
| 8 |
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MFK Zemplín Michalovce | 9 | 3 | 2 | 4 | 6:12 | -6 | 11 |
| 9 |
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FC DAC 1904 | 9 | 1 | 4 | 4 | 11:12 | -1 | 7 |
| 10 |
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Zlaté Moravce | 9 | 1 | 3 | 5 | 8:15 | -7 | 6 |
| 11 |
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1. FC Tatran Prešov | 9 | 1 | 2 | 6 | 2:17 | -15 | 5 |
| 12 |
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Spartak Myjava | 0 | 0 | 0 | 0 | 0:0 | 0 | 0 |
| Champions League Quali. | |
| Europa League Quali. | |
| Abstieg |
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# Spartak Myjava zog sich im Januar 2017 aufgund finanzieller Probleme aus dem laufenden Wettbewerb zurück. Die absolvierten Spiele wurden annulliert. |
