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| 04.11.2016 | 17:00 | FO ŽP Šport Podbrezová | - | AS Trenčín | 2:1 (2:1) | |
| 05.11.2016 | 17:00 | MFK Ružomberok | - | Spartak Myjava | annull. | |
| 17:00 | FK Senica | - | 1. FC Tatran Prešov | 0:0 (0:0) | ||
| 17:00 | MFK Zemplín Michalovce | - | Zlaté Moravce | 5:1 (2:0) | ||
| 06.11.2016 | 15:20 | Slovan Bratislava | - | FC DAC 1904 | 1:0 (0:0) | |
| 17:30 | MŠK Žilina | - | Spartak Trnava | 7:0 (3:0) |
| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
|
MŠK Žilina | 14 | 11 | 2 | 1 | 40:9 | 31 | 35 |
| 2 |
|
Slovan Bratislava | 14 | 9 | 2 | 3 | 25:14 | 11 | 29 |
| 3 |
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FO ŽP Šport Podbrezová | 13 | 8 | 3 | 2 | 16:7 | 9 | 27 |
| 4 |
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AS Trenčín | 14 | 6 | 2 | 6 | 21:23 | -2 | 20 |
| 5 |
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MFK Zemplín Michalovce | 14 | 5 | 4 | 5 | 16:18 | -2 | 19 |
| 6 |
|
Spartak Trnava | 14 | 5 | 4 | 5 | 15:21 | -6 | 19 |
| 7 |
|
MFK Ružomberok | 13 | 5 | 3 | 5 | 24:20 | 4 | 18 |
| 8 |
|
FK Senica | 14 | 3 | 4 | 7 | 11:15 | -4 | 13 |
| 9 |
|
1. FC Tatran Prešov | 14 | 2 | 6 | 6 | 8:22 | -14 | 12 |
| 10 |
|
FC DAC 1904 | 13 | 1 | 5 | 7 | 13:22 | -9 | 8 |
| 11 |
|
Zlaté Moravce | 13 | 1 | 3 | 9 | 10:28 | -18 | 6 |
| 12 |
|
Spartak Myjava | 0 | 0 | 0 | 0 | 0:0 | 0 | 0 |
| Champions League Quali. | |
| Europa League Quali. | |
| Abstieg |
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# Spartak Myjava zog sich im Januar 2017 aufgund finanzieller Probleme aus dem laufenden Wettbewerb zurück. Die absolvierten Spiele wurden annulliert. |
