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| 03.12.2016 | 17:00 | 1. FC Tatran Prešov | - | Spartak Myjava | annull. | |
| 17:00 | FK Senica | - | FC DAC 1904 | 1:1 (0:1) | ||
| 17:00 | MŠK Žilina | - | AS Trenčín | 3:0 (0:0) | ||
| 17:00 | Zlaté Moravce | - | FO ŽP Šport Podbrezová | 2:0 (0:0) | ||
| 04.12.2016 | 15:20 | Slovan Bratislava | - | Spartak Trnava | 0:1 (0:1) | |
| 01.03.2017 | 17:00 | MFK Zemplín Michalovce | - | MFK Ružomberok | 1:3 (1:1) |
| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
|
MŠK Žilina | 16 | 13 | 2 | 1 | 45:10 | 35 | 41 |
| 2 |
|
FO ŽP Šport Podbrezová | 16 | 10 | 3 | 3 | 21:10 | 11 | 33 |
| 3 |
|
Slovan Bratislava | 17 | 10 | 2 | 5 | 28:18 | 10 | 32 |
| 4 |
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Spartak Trnava | 16 | 7 | 4 | 5 | 19:22 | -3 | 25 |
| 5 |
|
MFK Ružomberok | 16 | 6 | 4 | 6 | 31:26 | 5 | 22 |
| 6 |
|
AS Trenčín | 17 | 6 | 3 | 8 | 24:31 | -7 | 21 |
| 7 |
|
MFK Zemplín Michalovce | 17 | 5 | 4 | 8 | 19:26 | -7 | 19 |
| 8 |
|
FC DAC 1904 | 16 | 3 | 6 | 7 | 18:24 | -6 | 15 |
| 9 |
|
Zlaté Moravce | 16 | 4 | 3 | 9 | 18:29 | -11 | 15 |
| 10 |
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FK Senica | 17 | 3 | 5 | 9 | 13:21 | -8 | 14 |
| 11 |
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1. FC Tatran Prešov | 16 | 2 | 6 | 8 | 9:28 | -19 | 12 |
| 12 |
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Spartak Myjava | 0 | 0 | 0 | 0 | 0:0 | 0 | 0 |
| Champions League Quali. | |
| Europa League Quali. | |
| Abstieg |
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# Spartak Myjava zog sich im Januar 2017 aufgund finanzieller Probleme aus dem laufenden Wettbewerb zurück. Die absolvierten Spiele wurden annulliert. |
