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| 25.08.2016 | 19:00 | FC DAC 1904 | - | FK Senica | 0:0 (0:0) | |
| 27.08.2016 | 19:00 | FO ŽP Šport Podbrezová | - | Zlaté Moravce | 1:1 (0:0) | |
| 19:00 | MFK Ružomberok | - | MFK Zemplín Michalovce | 4:0 (1:0) | ||
| 19:00 | Spartak Trnava | - | Slovan Bratislava | 0:0 (0:0) | ||
| 28.08.2016 | 19:00 | Spartak Myjava | - | 1. FC Tatran Prešov | annull. | |
| 19:00 | MŠK Žilina | - | AS Trenčín | 4:0 (2:0) |
| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
|
FO ŽP Šport Podbrezová | 6 | 4 | 2 | 0 | 7:2 | 5 | 14 |
| 2 |
|
MŠK Žilina | 6 | 4 | 1 | 1 | 15:6 | 9 | 13 |
| 3 |
|
Slovan Bratislava | 7 | 4 | 1 | 2 | 10:9 | 1 | 13 |
| 4 |
|
MFK Ružomberok | 6 | 3 | 1 | 2 | 12:9 | 3 | 10 |
| 5 |
|
FK Senica | 7 | 3 | 1 | 3 | 7:5 | 2 | 10 |
| 6 |
|
Spartak Trnava | 6 | 2 | 3 | 1 | 7:5 | 2 | 9 |
| 7 |
|
AS Trenčín | 7 | 3 | 0 | 4 | 10:13 | -3 | 9 |
| 8 |
|
MFK Zemplín Michalovce | 7 | 2 | 2 | 3 | 3:8 | -5 | 8 |
| 9 |
|
Zlaté Moravce | 6 | 1 | 2 | 3 | 6:6 | 0 | 5 |
| 10 |
|
1. FC Tatran Prešov | 6 | 1 | 1 | 4 | 1:11 | -10 | 4 |
| 11 |
|
FC DAC 1904 | 6 | 0 | 2 | 4 | 7:11 | -4 | 2 |
| 12 |
|
Spartak Myjava | 0 | 0 | 0 | 0 | 0:0 | 0 | 0 |
| Champions League Quali. | |
| Europa League Quali. | |
| Abstieg |
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# Spartak Myjava zog sich im Januar 2017 aufgund finanzieller Probleme aus dem laufenden Wettbewerb zurück. Die absolvierten Spiele wurden annulliert. |
