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| 09.04.2009 | 18:00 | Rot-Weiß Oberhausen | - | 1. FC Nürnberg | 0:3 (0:2) | |
| 18:00 | SpVgg Greuther Fürth | - | Hansa Rostock | 0:1 (0:0) | ||
| 18:00 | FC Ingolstadt 04 | - | SV Wehen Wiesbaden | 0:0 (0:0) | ||
| 12.04.2009 | 14:00 | FC St. Pauli | - | MSV Duisburg | 2:2 (1:0) | |
| 14:00 | Rot Weiss Ahlen | - | Alemannia Aachen | 0:2 (0:2) | ||
| 14:00 | TuS Koblenz | - | TSV 1860 München | 3:2 (2:0) | ||
| 14:00 | VfL Osnabrück | - | 1. FC Kaiserslautern | 0:2 (0:2) | ||
| 14:00 | FSV Frankfurt | - | FC Augsburg | 2:1 (1:0) | ||
| 13.04.2009 | 20:15 | 1. FSV Mainz 05 | - | SC Freiburg | 1:2 (1:0) |
| » Tabelle | Heim | Auswärts | Hinrunde | Rückrunde | 1. Halbzeit | 2. Halbzeit |
| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
|
SC Freiburg | 27 | 16 | 4 | 7 | 42:26 | 16 | 52 |
| 2 |
|
1. FSV Mainz 05 | 27 | 13 | 8 | 6 | 48:31 | 17 | 47 |
| 3 |
|
1. FC Nürnberg | 27 | 12 | 10 | 5 | 42:25 | 17 | 46 |
| 4 |
|
SpVgg Greuther Fürth | 27 | 13 | 6 | 8 | 52:38 | 14 | 45 |
| 5 |
|
1. FC Kaiserslautern | 27 | 13 | 6 | 8 | 43:32 | 11 | 45 |
| 6 |
|
Alemannia Aachen | 27 | 12 | 6 | 9 | 45:33 | 12 | 42 |
| 7 |
|
MSV Duisburg | 27 | 10 | 11 | 6 | 40:28 | 12 | 41 |
| 8 |
|
FC St. Pauli | 27 | 11 | 6 | 10 | 45:52 | -7 | 39 |
| 9 |
|
Rot-Weiß Oberhausen | 27 | 10 | 6 | 11 | 29:42 | -13 | 36 |
| 10 |
|
TSV 1860 München | 27 | 9 | 7 | 11 | 37:35 | 2 | 34 |
| 11 |
|
FSV Frankfurt | 27 | 8 | 9 | 10 | 29:35 | -6 | 33 |
| 12 |
|
FC Augsburg | 27 | 8 | 8 | 11 | 32:35 | -3 | 32 |
| 13 |
|
Rot Weiss Ahlen | 27 | 9 | 5 | 13 | 30:48 | -18 | 32 |
| 14 |
|
TuS Koblenz | 27 | 9 | 7 | 11 | 39:40 | -1 | 31 |
| 15 |
|
VfL Osnabrück | 27 | 6 | 10 | 11 | 35:48 | -13 | 28 |
| 16 |
|
Hansa Rostock | 27 | 6 | 9 | 12 | 37:44 | -7 | 27 |
| 17 |
|
FC Ingolstadt 04 | 27 | 6 | 9 | 12 | 28:42 | -14 | 27 |
| 18 |
|
SV Wehen Wiesbaden | 27 | 4 | 9 | 14 | 25:44 | -19 | 21 |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Relegation | |
| Abstieg |
|
# 3 Punkte Abzug für TuS Koblenz eingerechnet. |
