# Mannschaft Sp. S. U. N. Tore Dif. Pk.
1 Hertha BSC, Deutschland Hertha BSC 25 16 7 2 49:21 28 55
2 Eintracht Braunschweig, Deutschland Eintracht Braunschweig 25 15 7 3 41:21 20 52
3 1. FC Kaiserslautern, Deutschland 1. FC Kaiserslautern 25 10 11 4 34:23 11 41
4 1. FC Köln, Deutschland 1. FC Köln 25 10 10 5 31:23 8 40
5 Energie Cottbus, Deutschland Energie Cottbus 25 10 8 7 30:26 4 38
6 FSV Frankfurt, Deutschland FSV Frankfurt 25 11 4 10 37:31 6 37
7 TSV 1860 München, Deutschland TSV 1860 München 25 9 10 6 28:22 6 37
8 1. FC Union Berlin, Deutschland 1. FC Union Berlin 25 9 8 8 40:35 5 35
9 FC Ingolstadt 04, Deutschland FC Ingolstadt 04 25 8 11 6 30:28 2 35
10 SC Paderborn 07, Deutschland SC Paderborn 07 25 9 5 11 32:32 0 32
11 FC St. Pauli, Deutschland FC St. Pauli 25 8 8 9 26:29 -3 32
12 VfR Aalen, Deutschland VfR Aalen 25 8 7 10 25:28 -3 31
13 Erzgebirge Aue, Deutschland Erzgebirge Aue 25 7 6 12 30:38 -8 27
14 MSV Duisburg, Deutschland MSV Duisburg 25 7 6 12 26:41 -15 27
15 VfL Bochum, Deutschland VfL Bochum 25 6 8 11 30:41 -11 26
16 Dynamo Dresden, Deutschland Dynamo Dresden 25 5 9 11 24:35 -11 24
17 SV Sandhausen, Deutschland SV Sandhausen 25 5 6 14 30:51 -21 21
18 Jahn Regensburg, Deutschland Jahn Regensburg 25 4 5 16 29:47 -18 17
  Aufstieg
  Relegation
  Abstieg
  Relegation
  Abstieg

# Am 19.6. wurde endgültig entschieden, dass der MSV Duisburg keine Lizenz für die Zweitligasaison 2013/2014 erhält. Der sportlich abgestiegene SV Sandhausen bleibt damit eine weitere Saison in der 2. Bundesliga.

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