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| 28.03.2013 | 18:00 | Erzgebirge Aue | - | TSV 1860 München | 0:1 (0:1) | |
| 18:00 | Energie Cottbus | - | VfR Aalen | 1:1 (0:0) | ||
| 20:30 | Eintracht Braunschweig | - | Dynamo Dresden | 2:1 (1:1) | ||
| 30.03.2013 | 13:00 | FC Ingolstadt 04 | - | MSV Duisburg | 0:1 (0:1) | |
| 13:00 | Hertha BSC | - | VfL Bochum | 2:0 (1:0) | ||
| 31.03.2013 | 13:30 | SV Sandhausen | - | 1. FC Kaiserslautern | 1:1 (0:1) | |
| 13:30 | FSV Frankfurt | - | 1. FC Union Berlin | 3:0 (2:0) | ||
| 13:30 | 1. FC Köln | - | Jahn Regensburg | 2:1 (1:0) | ||
| 01.04.2013 | 20:15 | FC St. Pauli | - | SC Paderborn 07 | 2:2 (0:0) |
| » Tabelle | Heim | Auswärts | Hinrunde | Rückrunde | 1. Halbzeit | 2. Halbzeit |
| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
|
Hertha BSC | 27 | 17 | 8 | 2 | 51:21 | 30 | 59 |
| 2 |
|
Eintracht Braunschweig | 27 | 17 | 7 | 3 | 44:22 | 22 | 58 |
| 3 |
|
1. FC Köln | 27 | 12 | 10 | 5 | 35:24 | 11 | 46 |
| 4 |
|
1. FC Kaiserslautern | 27 | 11 | 12 | 4 | 38:24 | 14 | 45 |
| 5 |
|
TSV 1860 München | 27 | 10 | 11 | 6 | 29:22 | 7 | 41 |
| 6 |
|
FSV Frankfurt | 27 | 12 | 4 | 11 | 40:34 | 6 | 40 |
| 7 |
|
Energie Cottbus | 27 | 10 | 9 | 8 | 32:29 | 3 | 39 |
| 8 |
|
1. FC Union Berlin | 27 | 10 | 8 | 9 | 44:40 | 4 | 38 |
| 9 |
|
SC Paderborn 07 | 27 | 10 | 6 | 11 | 37:34 | 3 | 36 |
| 10 |
|
FC Ingolstadt 04 | 27 | 8 | 11 | 8 | 30:32 | -2 | 35 |
| 11 |
|
VfR Aalen | 27 | 8 | 9 | 10 | 28:31 | -3 | 33 |
| 12 |
|
FC St. Pauli | 27 | 8 | 9 | 10 | 30:35 | -5 | 33 |
| 13 |
|
MSV Duisburg | 27 | 9 | 6 | 12 | 29:42 | -13 | 33 |
| 14 |
|
Erzgebirge Aue | 27 | 7 | 7 | 13 | 31:40 | -9 | 28 |
| 15 |
|
VfL Bochum | 27 | 6 | 8 | 13 | 30:44 | -14 | 26 |
| 16 |
|
Dynamo Dresden | 27 | 5 | 9 | 13 | 25:39 | -14 | 24 |
| 17 |
|
SV Sandhausen | 27 | 5 | 8 | 14 | 33:54 | -21 | 23 |
| 18 |
|
Jahn Regensburg | 27 | 4 | 6 | 17 | 31:50 | -19 | 18 |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg |
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# Am 19.6. wurde endgültig entschieden, dass der MSV Duisburg keine Lizenz für die Zweitligasaison 2013/2014 erhält. Der sportlich abgestiegene SV Sandhausen bleibt damit eine weitere Saison in der 2. Bundesliga. |
