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| 14.09.2012 | 18:00 | VfL Bochum | - | TSV 1860 München | 0:0 (0:0) | |
| 18:00 | FC Ingolstadt 04 | - | 1. FC Union Berlin | 2:1 (1:1) | ||
| 18:00 | Energie Cottbus | - | FSV Frankfurt | 2:2 (0:1) | ||
| 15.09.2012 | 13:00 | Eintracht Braunschweig | - | Jahn Regensburg | 1:0 (0:0) | |
| 13:00 | SV Sandhausen | - | Dynamo Dresden | 1:1 (1:0) | ||
| 16.09.2012 | 13:30 | Hertha BSC | - | VfR Aalen | 2:0 (0:0) | |
| 13:30 | 1. FC Kaiserslautern | - | MSV Duisburg | 2:1 (1:0) | ||
| 13:30 | Erzgebirge Aue | - | SC Paderborn 07 | 0:1 (0:0) | ||
| 17.09.2012 | 20:15 | 1. FC Köln | - | FC St. Pauli | 0:0 (0:0) |
| » Tabelle | Heim | Auswärts | Hinrunde | Rückrunde | 1. Halbzeit | 2. Halbzeit |
| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
|
Eintracht Braunschweig | 5 | 5 | 0 | 0 | 8:1 | 7 | 15 |
| 2 |
|
Energie Cottbus | 5 | 3 | 2 | 0 | 10:4 | 6 | 11 |
| 3 |
|
FSV Frankfurt | 5 | 3 | 2 | 0 | 9:4 | 5 | 11 |
| 4 |
|
1. FC Kaiserslautern | 5 | 3 | 2 | 0 | 10:6 | 4 | 11 |
| 5 |
|
Hertha BSC | 5 | 3 | 1 | 1 | 9:7 | 2 | 10 |
| 6 |
|
TSV 1860 München | 5 | 2 | 3 | 0 | 6:2 | 4 | 9 |
| 7 |
|
FC Ingolstadt 04 | 5 | 2 | 2 | 1 | 8:7 | 1 | 8 |
| 8 |
|
SC Paderborn 07 | 5 | 2 | 1 | 2 | 9:7 | 2 | 7 |
| 9 |
|
VfL Bochum | 5 | 2 | 1 | 2 | 3:6 | -3 | 7 |
| 10 |
|
SV Sandhausen | 5 | 1 | 3 | 1 | 6:5 | 1 | 6 |
| 11 |
|
FC St. Pauli | 5 | 1 | 3 | 1 | 3:4 | -1 | 6 |
| 12 |
|
VfR Aalen | 5 | 2 | 0 | 3 | 6:8 | -2 | 6 |
| 13 |
|
Dynamo Dresden | 5 | 1 | 2 | 2 | 8:9 | -1 | 5 |
| 14 |
|
Erzgebirge Aue | 5 | 1 | 1 | 3 | 2:5 | -3 | 4 |
| 15 |
|
Jahn Regensburg | 5 | 1 | 0 | 4 | 3:5 | -2 | 3 |
| 16 |
|
1. FC Köln | 5 | 0 | 2 | 3 | 1:5 | -4 | 2 |
| 17 |
|
1. FC Union Berlin | 5 | 0 | 1 | 4 | 5:10 | -5 | 1 |
| 18 |
|
MSV Duisburg | 5 | 0 | 0 | 5 | 3:14 | -11 | 0 |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg |
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# Am 19.6. wurde endgültig entschieden, dass der MSV Duisburg keine Lizenz für die Zweitligasaison 2013/2014 erhält. Der sportlich abgestiegene SV Sandhausen bleibt damit eine weitere Saison in der 2. Bundesliga. |
