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| H | Olympique Lyonnais | - | Maribor Teatanic | 0:1 (0:0) | ||
| R | Maribor Teatanic | - | Olympique Lyonnais | 2:0 (2:0) | ||
| H: 10.08.1999 20:30 | R: 25.08.1999 20:30 | Sieger: Maribor Teatanic | ||||
| H | Spartak Moskva | - | Partizan | 2:0 (1:0) | ||
| R | Partizan | - | Spartak Moskva | 1:3 (0:1) | ||
| H: 11.08.1999 18:00 | R: 25.08.1999 20:15 | Sieger: Spartak Moskva | ||||
| H | FK Teplice | - | Borussia Dortmund | 0:1 (0:0) | ||
| R | Borussia Dortmund | - | FK Teplice | 1:0 (0:0) | ||
| H: 11.08.1999 18:00 | R: 25.08.1999 20:30 | Sieger: Borussia Dortmund | ||||
| H | Aalborg BK | - | Dinamo Kiev | 1:2 (0:2) | ||
| R | Dinamo Kiev | - | Aalborg BK | 2:2 (0:1) | ||
| H: 11.08.1999 18:30 | R: 25.08.1999 18:00 | Sieger: Dinamo Kiev | ||||
| H | FC Zimbru | - | PSV Eindhoven | 0:0 (0:0) | ||
| R | PSV Eindhoven | - | FC Zimbru | 2:0 (2:0) | ||
| H: 11.08.1999 19:30 | R: 25.08.1999 20:00 | Sieger: PSV Eindhoven | ||||
| H | Rapid Wien | - | Galatasaray | 0:3 (0:2) | ||
| R | Galatasaray | - | Rapid Wien | 1:0 (0:0) | ||
| H: 11.08.1999 19:30 | R: 25.08.1999 20:30 | Sieger: Galatasaray | ||||
| H | Hapoel Haifa | - | Valencia CF | 0:2 (0:0) | ||
| R | Valencia CF | - | Hapoel Haifa | 2:0 (0:0) | ||
| H: 11.08.1999 19:30 | R: 25.08.1999 22:00 | Sieger: Valencia CF | ||||
| H | Molde FK | - | RCD Mallorca | 0:0 (0:0) | ||
| R | RCD Mallorca | - | Molde FK | 1:1 (1:0) | ||
| H: 11.08.1999 20:00 | R: 25.08.1999 21:30 | Sieger: Molde FK | ||||
| H | AEK Athen | - | AIK Solna | 0:0 (0:0) | ||
| R | AIK Solna | - | AEK Athen | 1:0 (0:0) | ||
| H: 11.08.1999 20:15 | R: 25.08.1999 19:00 | Sieger: AIK Solna | ||||
| H | Croatia Zagreb | - | MTK Hungaria | 0:0 (0:0) | ||
| R | MTK Hungaria | - | Croatia Zagreb | 0:2 (0:0) | ||
| H: 11.08.1999 20:15 | R: 25.08.1999 20:15 | Sieger: Croatia Zagreb | ||||
| H | ACF Fiorentina | - | Widzew Łódź | 3:1 (1:0) | ||
| R | Widzew Łódź | - | ACF Fiorentina | 0:2 (0:1) | ||
| H: 11.08.1999 20:45 | R: 25.08.1999 18:00 | Sieger: ACF Fiorentina | ||||
| H | Brøndby IF | - | Boavista | 1:2 (0:1) | ||
| R | Boavista | - | Brøndby IF | 4:2 (1:0, 1:2, 4:2) n.V. | ||
| H: 11.08.1999 20:45 | R: 25.08.1999 22:00 | Sieger: Boavista | ||||
| H | Hertha BSC | - | Anorthosis Famagusta | 2:0 (1:0) | ||
| R | Anorthosis Famagusta | - | Hertha BSC | 0:0 (0:0) | ||
| H: 11.08.1999 20:45 | R: 25.08.1999 18:00 | Sieger: Hertha BSC | ||||
| H | Chelsea FC | - | Skonto FC | 3:0 (0:0) | ||
| R | Skonto FC | - | Chelsea FC | 0:0 (0:0) | ||
| H: 11.08.1999 21:05 | R: 25.08.1999 18:30 | Sieger: Chelsea FC | ||||
| H | Rangers FC | - | Parma AC | 2:0 (1:0) | ||
| R | Parma AC | - | Rangers FC | 1:0 (0:0) | ||
| H: 11.08.1999 21:05 | R: 25.08.1999 21:00 | Sieger: Rangers FC | ||||
| H | Sturm Graz | - | Servette FC | 2:1 (2:1) | ||
| R | Servette FC | - | Sturm Graz | 2:2 (0:0) | ||
| H: 11.08.1999 21:15 | R: 25.08.1999 20:45 | Sieger: Sturm Graz | ||||
