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| H | FK Ekranas | - | Dinamo Zagreb | 1:4 (1:2) | ||
| R | Dinamo Zagreb | - | FK Ekranas | 5:2 (1:0) | ||
| H: 25.07.2006 17:00 | R: 02.08.2006 20:30 | Sieger: Dinamo Zagreb | ||||
| H | FC Sheriff | - | Spartak Moskva | 1:1 (0:0) | ||
| R | Spartak Moskva | - | FC Sheriff | 0:0 (0:0) | ||
| H: 26.07.2006 19:00 | R: 02.08.2006 17:00 | Sieger: Spartak Moskva | ||||
| H | FK Liepājas Metalurgs | - | Dinamo Kiev | 1:4 (0:3) | ||
| R | Dinamo Kiev | - | FK Liepājas Metalurgs | 4:0 (1:0) | ||
| H: 26.07.2006 19:00 | R: 02.08.2006 18:00 | Sieger: Dinamo Kiev | ||||
| H | Levski Sofia | - | Sioni Bolnisi | 2:0 (1:0) | ||
| R | Sioni Bolnisi | - | Levski Sofia | 0:2 (0:1) | ||
| H: 26.07.2006 19:30 | R: 02.08.2006 17:00 | Sieger: Levski Sofia | ||||
| H | Djurgårdens IF | - | MFK Ružomberok | 1:0 (0:0) | ||
| R | MFK Ružomberok | - | Djurgårdens IF | 3:1 (2:0) | ||
| H: 26.07.2006 20:00 | R: 02.08.2006 20:00 | Sieger: MFK Ružomberok | ||||
| H | Fenerbahçe | - | B36 Tórshavn | 4:0 (2:0) | ||
| R | B36 Tórshavn | - | Fenerbahçe | 0:5 (0:1) | ||
| H: 26.07.2006 20:00 | R: 01.08.2006 19:30 | Sieger: Fenerbahçe | ||||
| H | FC Zürich | - | RB Salzburg | 2:1 (2:1) | ||
| R | RB Salzburg | - | FC Zürich | 2:0 (1:0) | ||
| H: 26.07.2006 20:15 | R: 02.08.2006 20:15 | Sieger: RB Salzburg | ||||
| H | FH Hafnarfjörður | - | Legia Warszawa | 0:1 (0:0) | ||
| R | Legia Warszawa | - | FH Hafnarfjörður | 2:0 (1:0) | ||
| H: 26.07.2006 20:30 | R: 02.08.2006 20:30 | Sieger: Legia Warszawa | ||||
| H | FK Mladá Boleslav | - | Vålerenga IF | 3:1 (3:0) | ||
| R | Vålerenga IF | - | FK Mladá Boleslav | 2:2 (0:1) | ||
| H: 26.07.2006 20:45 | R: 02.08.2006 20:45 | Sieger: FK Mladá Boleslav | ||||
| H | Debreceni VSC | - | FK Rabotnički | 1:1 (0:1) | ||
| R | FK Rabotnički | - | Debreceni VSC | 4:1 (3:1) | ||
| H: 26.07.2006 20:45 | R: 02.08.2006 20:00 | Sieger: FK Rabotnički | ||||
| H | Cork City | - | Crvena Zvezda | 0:1 (0:1) | ||
| R | Crvena Zvezda | - | Cork City | 3:0 (2:0) | ||
| H: 26.07.2006 20:45 | R: 02.08.2006 20:15 | Sieger: Crvena Zvezda | ||||
| H | FC København | - | MyPa Anjalankoski | 2:0 (0:0) | ||
| R | MyPa Anjalankoski | - | FC København | 2:2 (1:1) | ||
| H: 26.07.2006 20:45 | R: 02.08.2006 19:00 | Sieger: FC København | ||||
| H | Heart of Midlothian | - | Široki Brijeg | 3:0 (0:0) | ||
| R | Široki Brijeg | - | Heart of Midlothian | 0:0 (0:0) | ||
| H: 26.07.2006 20:45 | R: 02.08.2006 20:30 | Sieger: Heart of Midlothian | ||||
| H | ND Gorica | - | FC Steaua Bucureşti | 0:2 (0:0) | ||
| R | FC Steaua Bucureşti | - | ND Gorica | 3:0 (1:0) | ||
| H: 26.07.2006 21:00 | R: 02.08.2006 19:30 | Sieger: FC Steaua Bucureşti | ||||
