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| H | FC Slovan Rosice | - | Slovan Liberec | 1:4 (1:3) | ||
| R | Slovan Liberec | - | FC Slovan Rosice | 3:0 (1:0) | ||
| H: 17.10.2012 16:00 | R: 31.10.2012 17:00 | Sieger: Slovan Liberec | ||||
| H | HFK Třebíč | - | 1. FC Slovácko | 0:2 (0:0) | ||
| R | 1. FC Slovácko | - | HFK Třebíč | 2:0 (0:0) | ||
| H: 31.10.2012 14:30 | R: 28.11.2012 17:00 | Sieger: 1. FC Slovácko | ||||
| H | FK Dukla Praha | - | Sigma Olomouc | 0:1 (0:1) | ||
| R | Sigma Olomouc | - | FK Dukla Praha | 2:2 (1:2) | ||
| H: 31.10.2012 18:00 | R: 28.11.2012 17:00 | Sieger: Sigma Olomouc | ||||
| H | FK Ústí nad Labem | - | FK Baumit Jablonec | 1:7 (1:3) | ||
| R | FK Baumit Jablonec | - | FK Ústí nad Labem | 5:0 (4:0) | ||
| H: 06.11.2012 14:00 | R: 27.11.2012 16:00 | Sieger: FK Baumit Jablonec | ||||
| H | FK Fotbal Třinec | - | FK Mladá Boleslav | 1:1 (0:0) | ||
| R | FK Mladá Boleslav | - | FK Fotbal Třinec | 3:0 (0:0) | ||
| H: 06.11.2012 14:00 | R: 28.11.2012 15:30 | Sieger: FK Mladá Boleslav | ||||
| H | TJ Jiskra Domažlice | - | FK Teplice | 0:2 (0:0) | ||
| R | FK Teplice | - | TJ Jiskra Domažlice | 2:1 (2:0) | ||
| H: 07.11.2012 14:00 | R: 28.11.2012 17:00 | Sieger: FK Teplice | ||||
| H | Vysočina Jihlava | - | AC Sparta Praha | 1:1 (1:1) | ||
| R | AC Sparta Praha | - | Vysočina Jihlava | 3:2 (1:1, 1:1) i.E. | ||
| H: 29.11.2012 17:00 | R: 05.03.2013 18:00 | Sieger: AC Sparta Praha | ||||
| H | FC Hradec Králové | - | Viktoria Plzeň | 2:1 (0:1) | ||
| R | Viktoria Plzeň | - | FC Hradec Králové | 1:0 (1:0) | ||
| H: 29.11.2012 17:30 | R: 23.03.2013 17:00 | Sieger: Viktoria Plzeň | ||||
