H Floriana FC - Dundee United 0:0 (0:0)
R Dundee United - Floriana FC 1:0 (0:0)
H: 06.09.1988 R: 05.10.1988 Sieger: Dundee United
H Omonia Nikosia - Panathinaikos 0:1 (0:1)
R Panathinaikos - Omonia Nikosia 2:0 (0:0)
H: 06.09.1988 R: 05.10.1988 Sieger: Panathinaikos
H Grasshopper Club Zürich - Eintracht Frankfurt 0:0 (0:0)
R Eintracht Frankfurt - Grasshopper Club Zürich 1:0 (1:0)
H: 06.09.1988 20:30 R: 04.10.1988 Sieger: Eintracht Frankfurt
H KV Mechelen - Avenir Beggen 5:0 (0:0)
R Avenir Beggen - KV Mechelen 1:3 (0:1)
H: 07.09.1988 R: 28.09.1988 Sieger: KV Mechelen
H Fram Reykjavík - FC Barcelona 0:2 (0:1)
R FC Barcelona - Fram Reykjavík 5:0 (2:0)
H: 07.09.1988 R: 05.10.1988 Sieger: FC Barcelona
H Dinamo Bucureşti - FC Kuusysi (old) 3:0 (1:0)
R FC Kuusysi (old) - Dinamo Bucureşti 0:3 (0:2)
H: 07.09.1988 R: 05.10.1988 Sieger: Dinamo Bucureşti
H FC Metz - RSC Anderlecht 1:3 (0:2)
R RSC Anderlecht - FC Metz 2:0 (0:0)
H: 07.09.1988 R: 05.10.1988 Sieger: RSC Anderlecht
H Glenavon FC - Aarhus GF 1:4 (1:1)
R Aarhus GF - Glenavon FC 3:1 (1:0)
H: 07.09.1988 R: 05.10.1988 Sieger: Aarhus GF
H Flamurtari Vlorë - Lech Poznań 2:3 (1:1)
R Lech Poznań - Flamurtari Vlorë 1:0 (1:0)
H: 07.09.1988 R: 05.10.1988 Sieger: Lech Poznań
H FC Carl Zeiss Jena - Kremser SC 5:0 (1:0)
R Kremser SC - FC Carl Zeiss Jena 1:0 (1:0)
H: 07.09.1988 R: 05.10.1988 Sieger: FC Carl Zeiss Jena
H Derry City - Cardiff City 0:0 (0:0)
R Cardiff City - Derry City 4:0 (1:0)
H: 07.09.1988 R: 05.10.1988 Sieger: Cardiff City
H Borac Banja Luka - Metalist Kharkiv 2:0 (1:0)
R Metalist Kharkiv - Borac Banja Luka 4:0 (1:0)
H: 07.09.1988 R: 05.10.1988 Sieger: Metalist Kharkiv
H Roda JC Kerkrade - Vitória Guimarães 2:0 (0:0)
R Vitória Guimarães - Roda JC Kerkrade 1:0 (1:0)
H: 07.09.1988 R: 05.10.1988 Sieger: Roda JC Kerkrade
H TJ Inter Slovnaft ZŤS Petržalka - CFKA Sofia 2:3 (1:2)
R CFKA Sofia - TJ Inter Slovnaft ZŤS Petržalka 5:0 (5:0)
H: 07.09.1988 R: 05.10.1988 Sieger: CFKA Sofia
H Sakaryaspor - Békéscsabai Előre Spartacus SC 2:0 (1:0)
R Békéscsabai Előre Spartacus SC - Sakaryaspor 1:0 (0:0)
H: 07.09.1988 R: 05.10.1988 Sieger: Sakaryaspor
H IFK Norrköping - Sampdoria 2:1 (1:0)
R Sampdoria - IFK Norrköping 2:0 (1:0)
H: 07.09.1988 R: 06.10.1988 Sieger: Sampdoria
EC der Pokalsieger
EC der Pokalsieger
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