# Mannschaft Sp. S. U. N. Tore Dif. Pk.
1 FK Kareda Siauliai, Litauen FK Kareda Siauliai 21 17 4 0 65:9 56 55
2 FK Zalgiris, Litauen FK Zalgiris 21 15 6 0 62:8 54 53
3 FBK Kaunas, Litauen FBK Kaunas 21 16 3 2 49:13 36 51
4 FK Ekranas, Litauen FK Ekranas 21 10 6 5 40:19 21 35
5 Inkaras Kaunas, Litauen Inkaras Kaunas 21 9 4 8 30:26 4 31
6 FK Banga Gargzdai, Litauen FK Banga Gargzdai 21 7 5 9 18:26 -8 26
7 FK Nevėžis, Litauen FK Nevėžis 21 7 4 10 17:31 -14 25
8 FK Dainava Alytus, Litauen FK Dainava Alytus 21 8 1 12 23:45 -22 25
9 FK Atlantas, Litauen FK Atlantas 21 6 4 11 27:32 -5 22
10 FK Žalgiris B, Litauen FK Žalgiris B 21 6 3 12 23:53 -30 21
11 Kauno Jegeriai, Litauen Kauno Jegeriai 21 5 2 14 18:45 -27 17
12 Lokomotyvas Kaunas, Litauen Lokomotyvas Kaunas 21 4 0 17 10:39 -29 12
13 Mastis Telšiai, Litauen Mastis Telšiai 12 1 0 11 4:40 -36 3
14 FK Panerys Vilnius, Litauen FK Panerys Vilnius 0 0 0 0 0:0 0 0

# Ekranas - Zalgiris (26.05.1999) wurde mit 0:0 zugunsten von Zalgiris gewertet, wobei Zalgiris die drei Punkte zugesporechen wurden (ursprünglich 1:0 für Ekranas)

# Nach dem 6. Spieltag zog Panerys Vilnius sein Team zurück. Alle Partien wurden annulliert.

# Nach dem 13. Spieltag zog Mastis Telsiai seine Mannschaft zurück. Alle bis dahin gespielten Partien behielten ihre Gültigkeit.

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