# Mannschaft Sp. S. U. N. Tore Dif. Pk.
1 FK Zalgiris, Litauen FK Zalgiris 3 2 1 0 6:1 5 9
2 FBK Kaunas, Litauen FBK Kaunas 3 3 0 0 5:0 5 9
3 FK Ekranas, Litauen FK Ekranas 3 2 1 0 11:2 9 6
4 Inkaras Kaunas, Litauen Inkaras Kaunas 2 2 0 0 5:1 4 6
5 FK Atlantas, Litauen FK Atlantas 3 2 0 1 3:1 2 6
6 Lokomotyvas Kaunas, Litauen Lokomotyvas Kaunas 3 2 0 1 3:2 1 6
7 FK Kareda Siauliai, Litauen FK Kareda Siauliai 3 1 2 0 6:2 4 5
8 FK Nevėžis, Litauen FK Nevėžis 2 1 0 1 2:2 0 3
9 FK Banga Gargždai, Litauen FK Banga Gargždai 3 1 0 2 1:5 -4 3
10 FK Panerys, Litauen FK Panerys 0 0 0 0 0:0 0 0
11 Mastis Telšiai, Litauen Mastis Telšiai 3 0 0 3 0:3 -3 0
12 Kauno Jegeriai, Litauen Kauno Jegeriai 2 0 0 2 0:7 -7 0
13 FK Dainava Alytus, Litauen FK Dainava Alytus 3 0 0 3 2:10 -8 0
14 FK Žalgiris B, Litauen FK Žalgiris B 3 0 0 3 0:8 -8 0

# Ekranas - Zalgiris (26.05.1999) wurde mit 0:0 zugunsten von Zalgiris gewertet, wobei Zalgiris die drei Punkte zugesporechen wurden (ursprünglich 1:0 für Ekranas)

# Nach dem 6. Spieltag zog Panerys Vilnius sein Team zurück. Alle Partien wurden annulliert.

# Nach dem 13. Spieltag zog Mastis Telsiai seine Mannschaft zurück. Alle bis dahin gespielten Partien behielten ihre Gültigkeit.

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