# Mannschaft Sp. S. U. N. Tore Dif. Pk.
1 FK Zalgiris, Litauen FK Zalgiris 7 5 2 0 14:3 11 19
2 FBK Kaunas, Litauen FBK Kaunas 7 5 2 0 21:3 18 17
3 FK Kareda Siauliai, Litauen FK Kareda Siauliai 7 4 3 0 16:4 12 15
4 FK Ekranas, Litauen FK Ekranas 7 4 1 2 15:7 8 12
5 FK Nevėžis, Litauen FK Nevėžis 6 3 0 3 6:6 0 9
6 Lokomotyvas Kaunas, Litauen Lokomotyvas Kaunas 6 3 0 3 5:5 0 9
7 Inkaras Kaunas, Litauen Inkaras Kaunas 7 2 2 3 6:7 -1 8
8 Kauno Jegeriai, Litauen Kauno Jegeriai 6 2 1 3 5:9 -4 7
9 FK Atlantas, Litauen FK Atlantas 7 2 1 4 5:12 -7 7
10 FK Dainava Alytus, Litauen FK Dainava Alytus 6 2 0 4 7:23 -16 6
11 FK Banga Gargždai, Litauen FK Banga Gargždai 6 1 2 3 1:6 -5 5
12 Mastis Telšiai, Litauen Mastis Telšiai 6 1 0 5 2:8 -6 3
13 FK Žalgiris B, Litauen FK Žalgiris B 6 1 0 5 3:13 -10 3
14 FK Panerys, Litauen FK Panerys 0 0 0 0 0:0 0 0

# Ekranas - Zalgiris (26.05.1999) wurde mit 0:0 zugunsten von Zalgiris gewertet, wobei Zalgiris die drei Punkte zugesporechen wurden (ursprünglich 1:0 für Ekranas)

# Nach dem 6. Spieltag zog Panerys Vilnius sein Team zurück. Alle Partien wurden annulliert.

# Nach dem 13. Spieltag zog Mastis Telsiai seine Mannschaft zurück. Alle bis dahin gespielten Partien behielten ihre Gültigkeit.

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