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| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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FK Kareda Siauliai | 12 | 10 | 1 | 1 | 30:6 | 24 | 31 |
| 2 |
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FK Zalgiris | 12 | 8 | 4 | 0 | 29:4 | 25 | 28 |
| 3 |
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FBK Kaunas | 12 | 9 | 1 | 2 | 26:11 | 15 | 28 |
| 4 |
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Inkaras Kaunas | 12 | 7 | 2 | 3 | 23:15 | 8 | 23 |
| 5 |
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FK Ekranas | 12 | 6 | 4 | 2 | 21:12 | 9 | 22 |
| 6 |
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FK Banga Gargždai | 12 | 4 | 2 | 6 | 11:17 | -6 | 14 |
| 7 |
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FK Dainava Alytus | 12 | 4 | 1 | 7 | 12:23 | -11 | 13 |
| 8 |
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FK Žalgiris B | 12 | 3 | 3 | 6 | 18:33 | -15 | 12 |
| 9 |
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FK Atlantas | 11 | 3 | 2 | 6 | 16:17 | -1 | 11 |
| 10 |
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FK Nevėžis | 12 | 2 | 4 | 6 | 7:16 | -9 | 10 |
| 11 |
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Kauno Jegeriai | 12 | 3 | 0 | 9 | 15:25 | -10 | 9 |
| 12 |
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Lokomotyvas Kaunas | 12 | 1 | 0 | 11 | 5:30 | -25 | 3 |
| 13 |
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FK Panerys | 0 | 0 | 0 | 0 | 0:0 | 0 | 0 |
| 14 |
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Mastis Telšiai | 1 | 0 | 0 | 1 | 1:5 | -4 | 0 |
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# Ekranas - Zalgiris (26.05.1999) wurde mit 0:0 zugunsten von Zalgiris gewertet, wobei Zalgiris die drei Punkte zugesporechen wurden (ursprünglich 1:0 für Ekranas) # Nach dem 6. Spieltag zog Panerys Vilnius sein Team zurück. Alle Partien wurden annulliert. # Nach dem 13. Spieltag zog Mastis Telsiai seine Mannschaft zurück. Alle bis dahin gespielten Partien behielten ihre Gültigkeit. |
