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| 16.09.2016 | 18:30 | 1. FC Nürnberg II | - | SpVgg Bayreuth | 0:5 (0:2) | |
| 19:00 | SV Seligenporten | - | SpVgg Unterhaching | 0:0 (0:0) | ||
| 19:00 | Bayern München II | - | FC Memmingen | 2:1 (2:0) | ||
| 17.09.2016 | 14:00 | SpVgg Bayern Hof | - | SpVgg Greuther Fürth II | 1:2 (1:1) | |
| 14:00 | FC Augsburg II | - | VfR Garching | 1:1 (1:0) | ||
| 14:00 | Wacker Burghausen | - | TSV Buchbach | 3:0 (1:0) | ||
| 14:00 | FV Illertissen | - | FC Ingolstadt 04 II | 2:5 (0:1) | ||
| 14:00 | SV Schalding-Heining | - | TSV 1860 Rosenheim | 3:0 (0:0) | ||
| 19:00 | 1. FC Schweinfurt 05 | - | TSV 1860 München II | 1:2 (1:0) |
| » Tabelle | Heim | Auswärts | Hinrunde | Rückrunde | 1. Halbzeit | 2. Halbzeit |
| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
|
SpVgg Unterhaching | 11 | 9 | 2 | 0 | 32:7 | 25 | 29 |
| 2 |
|
Bayern München II | 11 | 6 | 4 | 1 | 18:11 | 7 | 22 |
| 3 |
|
FC Augsburg II | 11 | 4 | 5 | 2 | 24:13 | 11 | 17 |
| 4 |
|
1. FC Nürnberg II | 11 | 5 | 2 | 4 | 23:22 | 1 | 17 |
| 5 |
|
VfR Garching | 11 | 5 | 2 | 4 | 19:19 | 0 | 17 |
| 6 |
|
1. FC Schweinfurt 05 | 11 | 5 | 2 | 4 | 17:19 | -2 | 17 |
| 7 |
|
SpVgg Greuther Fürth II | 11 | 4 | 3 | 4 | 17:14 | 3 | 15 |
| 8 |
|
SpVgg Bayreuth | 11 | 4 | 3 | 4 | 20:19 | 1 | 15 |
| 9 |
|
FV Illertissen | 11 | 4 | 2 | 5 | 17:20 | -3 | 14 |
| 10 |
|
FC Memmingen | 11 | 3 | 4 | 4 | 19:15 | 4 | 13 |
| 11 |
|
Wacker Burghausen | 11 | 3 | 4 | 4 | 18:20 | -2 | 13 |
| 12 |
|
TSV 1860 Rosenheim | 11 | 4 | 1 | 6 | 9:14 | -5 | 13 |
| 13 |
|
SV Schalding-Heining | 11 | 2 | 5 | 4 | 16:16 | 0 | 11 |
| 14 |
|
FC Ingolstadt 04 II | 11 | 2 | 5 | 4 | 18:22 | -4 | 11 |
| 15 |
|
SV Seligenporten | 11 | 3 | 2 | 6 | 13:32 | -19 | 11 |
| 16 |
|
TSV Buchbach | 11 | 2 | 3 | 6 | 13:21 | -8 | 9 |
| 17 |
|
SpVgg Bayern Hof | 11 | 1 | 1 | 9 | 15:30 | -15 | 4 |
| 18 |
|
TSV 1860 München II | 11 | 7 | 2 | 2 | 0:0 | -4 | -40 |
| Playoffs | |
| Relegation | |
| Abstieg |
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# Der TSV 1860 München II steigt gemäß den Statuten des Verbands automatisch in die Bayernliga ab, da die Profimannschaft des Vereins aus der 2. Bundesliga absteigt. Der SV Seligenporten vermeidet damit den direkten Abstieg und spielt in der Relegation, Schalding-Heining ist gerettet. |
