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| 17.04.2017 | 13:00 | VfR Garching | - | 1. FC Schweinfurt 05 | 2:0 (2:0) | |
| 14:00 | Bayern München II | - | SpVgg Bayern Hof | 5:0 (1:0) | ||
| 14:00 | SpVgg Greuther Fürth II | - | FC Augsburg II | 1:1 (0:1) | ||
| 14:00 | SpVgg Unterhaching | - | TSV Buchbach | 5:0 (3:0) | ||
| 14:00 | SpVgg Bayreuth | - | SV Seligenporten | 3:1 (1:0) | ||
| 14:00 | TSV 1860 Rosenheim | - | 1. FC Nürnberg II | 2:1 (1:0) | ||
| 14:00 | FC Memmingen | - | SV Schalding-Heining | 2:4 (1:0) | ||
| 18.04.2017 | 19:00 | TSV 1860 München II | - | FV Illertissen | 2:2 (1:1) | |
| 09.05.2017 | 18:30 | FC Ingolstadt 04 II | - | Wacker Burghausen | 6:0 (5:0) |
| » Tabelle | Heim | Auswärts | Hinrunde | Rückrunde | 1. Halbzeit | 2. Halbzeit |
| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
|
SpVgg Unterhaching | 29 | 21 | 7 | 1 | 79:17 | 62 | 70 |
| 2 |
|
Bayern München II | 29 | 12 | 11 | 6 | 46:31 | 15 | 47 |
| 3 |
|
FC Augsburg II | 29 | 12 | 10 | 7 | 54:29 | 25 | 46 |
| 4 |
|
FC Memmingen | 29 | 13 | 7 | 9 | 54:37 | 17 | 46 |
| 5 |
|
1. FC Schweinfurt 05 | 29 | 13 | 6 | 10 | 51:44 | 7 | 45 |
| 6 |
|
FV Illertissen | 29 | 13 | 5 | 11 | 38:38 | 0 | 44 |
| 7 |
|
Wacker Burghausen | 29 | 12 | 6 | 11 | 41:45 | -4 | 42 |
| 8 |
|
1. FC Nürnberg II | 29 | 11 | 7 | 11 | 58:61 | -3 | 40 |
| 9 |
|
VfR Garching | 29 | 12 | 4 | 13 | 48:56 | -8 | 40 |
| 10 |
|
SpVgg Bayreuth | 29 | 11 | 6 | 12 | 45:48 | -3 | 39 |
| 11 |
|
TSV 1860 Rosenheim | 29 | 11 | 6 | 12 | 37:43 | -6 | 39 |
| 12 |
|
FC Ingolstadt 04 II | 29 | 9 | 10 | 10 | 46:46 | 0 | 37 |
| 13 |
|
TSV Buchbach | 29 | 9 | 7 | 13 | 36:56 | -20 | 34 |
| 14 |
|
SpVgg Greuther Fürth II | 29 | 7 | 9 | 13 | 36:46 | -10 | 30 |
| 15 |
|
SV Schalding-Heining | 29 | 7 | 9 | 13 | 41:53 | -12 | 30 |
| 16 |
|
SV Seligenporten | 29 | 6 | 7 | 16 | 37:66 | -29 | 25 |
| 17 |
|
SpVgg Bayern Hof | 29 | 2 | 3 | 24 | 29:73 | -44 | 9 |
| 18 |
|
TSV 1860 München II | 29 | 16 | 8 | 5 | 0:0 | 3 | -7 |
| Playoffs | |
| Relegation | |
| Abstieg |
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# Der TSV 1860 München II steigt gemäß den Statuten des Verbands automatisch in die Bayernliga ab, da die Profimannschaft des Vereins aus der 2. Bundesliga absteigt. Der SV Seligenporten vermeidet damit den direkten Abstieg und spielt in der Relegation, Schalding-Heining ist gerettet. |
