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| 23.07.2016 | 19:00 | FO ŽP Šport Podbrezová | - | Spartak Myjava | annull. | |
| 19:00 | AS Trenčín | - | FK Senica | 3:0 (2:0) | ||
| 19:00 | MŠK Žilina | - | MFK Ružomberok | 3:2 (2:1) | ||
| 24.07.2016 | 19:00 | Slovan Bratislava | - | Zlaté Moravce | 3:2 (1:0) | |
| 19:00 | Spartak Trnava | - | FC DAC 1904 | 2:1 (2:1) | ||
| 20:15 | 1. FC Tatran Prešov | - | MFK Zemplín Michalovce | 0:0 (0:0) |
| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
|
Slovan Bratislava | 2 | 2 | 0 | 0 | 4:2 | 2 | 6 |
| 2 |
|
MŠK Žilina | 2 | 1 | 1 | 0 | 5:4 | 1 | 4 |
| 3 |
|
Spartak Trnava | 2 | 1 | 1 | 0 | 3:2 | 1 | 4 |
| 4 |
|
MFK Zemplín Michalovce | 2 | 1 | 1 | 0 | 2:1 | 1 | 4 |
| 5 |
|
AS Trenčín | 2 | 1 | 0 | 1 | 4:2 | 2 | 3 |
| 6 |
|
MFK Ružomberok | 2 | 1 | 0 | 1 | 3:3 | 0 | 3 |
| 7 |
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FO ŽP Šport Podbrezová | 1 | 0 | 1 | 0 | 1:1 | 0 | 1 |
| 8 |
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FC DAC 1904 | 2 | 0 | 1 | 1 | 3:4 | -1 | 1 |
| 9 |
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1. FC Tatran Prešov | 2 | 0 | 1 | 1 | 0:1 | -1 | 1 |
| 10 |
|
Spartak Myjava | 0 | 0 | 0 | 0 | 0:0 | 0 | 0 |
| 11 |
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Zlaté Moravce | 1 | 0 | 0 | 1 | 2:3 | -1 | 0 |
| 12 |
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FK Senica | 2 | 0 | 0 | 2 | 0:4 | -4 | 0 |
| Champions League Quali. | |
| Europa League Quali. | |
| Abstieg |
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# Spartak Myjava zog sich im Januar 2017 aufgund finanzieller Probleme aus dem laufenden Wettbewerb zurück. Die absolvierten Spiele wurden annulliert. |
