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| 06.08.2016 | 19:00 | MFK Zemplín Michalovce | - | Zlaté Moravce | 0:0 (0:0) | |
| 19:00 | Spartak Myjava | - | MFK Ružomberok | annull. | ||
| 19:00 | 1. FC Tatran Prešov | - | FK Senica | 0:4 (0:1) | ||
| 19:00 | Slovan Bratislava | - | FC DAC 1904 | 3:2 (2:2) | ||
| 19:00 | AS Trenčín | - | FO ŽP Šport Podbrezová | 0:1 (0:0) | ||
| 07.08.2016 | 19:00 | Spartak Trnava | - | MŠK Žilina | 1:2 (0:2) |
| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
|
MŠK Žilina | 4 | 3 | 1 | 0 | 11:5 | 6 | 10 |
| 2 |
|
Slovan Bratislava | 4 | 3 | 0 | 1 | 7:6 | 1 | 9 |
| 3 |
|
FO ŽP Šport Podbrezová | 3 | 2 | 1 | 0 | 4:1 | 3 | 7 |
| 4 |
|
FK Senica | 4 | 2 | 0 | 2 | 6:4 | 2 | 6 |
| 5 |
|
Spartak Trnava | 4 | 1 | 2 | 1 | 5:5 | 0 | 5 |
| 6 |
|
MFK Zemplín Michalovce | 4 | 1 | 2 | 1 | 2:3 | -1 | 5 |
| 7 |
|
Zlaté Moravce | 3 | 1 | 1 | 1 | 5:3 | 2 | 4 |
| 8 |
|
MFK Ružomberok | 3 | 1 | 1 | 1 | 4:4 | 0 | 4 |
| 9 |
|
AS Trenčín | 4 | 1 | 0 | 3 | 4:6 | -2 | 3 |
| 10 |
|
FC DAC 1904 | 3 | 0 | 1 | 2 | 5:7 | -2 | 1 |
| 11 |
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1. FC Tatran Prešov | 4 | 0 | 1 | 3 | 0:9 | -9 | 1 |
| 12 |
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Spartak Myjava | 0 | 0 | 0 | 0 | 0:0 | 0 | 0 |
| Champions League Quali. | |
| Europa League Quali. | |
| Abstieg |
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# Spartak Myjava zog sich im Januar 2017 aufgund finanzieller Probleme aus dem laufenden Wettbewerb zurück. Die absolvierten Spiele wurden annulliert. |
