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| 17.09.2016 | 17:00 | MŠK Žilina | - | FK Senica | 4:2 (1:1) | |
| 19:00 | FC DAC 1904 | - | FO ŽP Šport Podbrezová | 0:0 (0:0) | ||
| 19:00 | Spartak Myjava | - | AS Trenčín | annull. | ||
| 19:00 | MFK Ružomberok | - | Zlaté Moravce | 6:1 (1:1) | ||
| 19:00 | Spartak Trnava | - | MFK Zemplín Michalovce | 2:3 (1:1) | ||
| 20:00 | Slovan Bratislava | - | 1. FC Tatran Prešov | 1:1 (0:0) |
| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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MŠK Žilina | 8 | 6 | 1 | 1 | 21:8 | 13 | 19 |
| 2 |
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FO ŽP Šport Podbrezová | 8 | 5 | 3 | 0 | 9:2 | 7 | 18 |
| 3 |
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MFK Ružomberok | 8 | 4 | 2 | 2 | 19:11 | 8 | 14 |
| 4 |
|
Slovan Bratislava | 8 | 4 | 2 | 2 | 11:10 | 1 | 14 |
| 5 |
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FK Senica | 9 | 3 | 2 | 4 | 10:10 | 0 | 11 |
| 6 |
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MFK Zemplín Michalovce | 9 | 3 | 2 | 4 | 6:12 | -6 | 11 |
| 7 |
|
Spartak Trnava | 8 | 2 | 4 | 2 | 12:11 | 1 | 10 |
| 8 |
|
AS Trenčín | 8 | 3 | 1 | 4 | 13:16 | -3 | 10 |
| 9 |
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Zlaté Moravce | 8 | 1 | 3 | 4 | 8:13 | -5 | 6 |
| 10 |
|
1. FC Tatran Prešov | 8 | 1 | 2 | 5 | 2:14 | -12 | 5 |
| 11 |
|
FC DAC 1904 | 8 | 0 | 4 | 4 | 8:12 | -4 | 4 |
| 12 |
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Spartak Myjava | 0 | 0 | 0 | 0 | 0:0 | 0 | 0 |
| Champions League Quali. | |
| Europa League Quali. | |
| Abstieg |
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# Spartak Myjava zog sich im Januar 2017 aufgund finanzieller Probleme aus dem laufenden Wettbewerb zurück. Die absolvierten Spiele wurden annulliert. |
