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| H | FC Thun | - | Hamburger SV | 2:2 (2:0) | ||
| R | Hamburger SV | - | FC Thun | 3:1 (1:0) | ||
| H: 17.07.2004 15:00 | R: 24.07.2004 19:00 | Sieger: Hamburger SV | ||||
| H | Shinnik Yaroslavl | - | União Leiria | 1:4 (1:1) | ||
| R | União Leiria | - | Shinnik Yaroslavl | 2:1 (1:0) | ||
| H: 17.07.2004 17:00 | R: 24.07.2004 22:00 | Sieger: União Leiria | ||||
| H | FC Schalke 04 | - | Vardar Skopje | 5:0 (2:0) | ||
| R | Vardar Skopje | - | FC Schalke 04 | 1:2 (0:2) | ||
| H: 17.07.2004 17:15 | R: 24.07.2004 17:00 | Sieger: FC Schalke 04 | ||||
| H | Slovan Liberec | - | Roda JC Kerkrade | 1:0 (1:0) | ||
| R | Roda JC Kerkrade | - | Slovan Liberec | 1:1 (1:0, 1:0) n.V. | ||
| H: 17.07.2004 18:00 | R: 24.07.2004 16:00 | Sieger: Slovan Liberec | ||||
| H | Slaven Belupo | - | Spartak Trnava | 0:0 (0:0) | ||
| R | Spartak Trnava | - | Slaven Belupo | 2:2 (0:2) | ||
| H: 17.07.2004 18:00 | R: 24.07.2004 18:00 | Sieger: Slaven Belupo | ||||
| H | Lille OSC | - | Dinamo Minsk | 2:1 (2:1) | ||
| R | Dinamo Minsk | - | Lille OSC | 2:2 (1:1) | ||
| H: 17.07.2004 19:00 | R: 24.07.2004 15:00 | Sieger: Lille OSC | ||||
| H | Tescoma Zlín | - | Atlético Madrid | 2:4 (0:1) | ||
| R | Atlético Madrid | - | Tescoma Zlín | 0:2 (0:1) | ||
| H: 17.07.2004 19:30 | R: 24.07.2004 21:45 | Sieger: Atlético Madrid | ||||
| H | KRC Genk | - | Borussia Dortmund | 0:1 (0:1) | ||
| R | Borussia Dortmund | - | KRC Genk | 1:2 (0:1) | ||
| H: 17.07.2004 20:30 | R: 24.07.2004 15:00 | Sieger: KRC Genk | ||||
| H | Villarreal CF | - | Spartak Moskva | 1:0 (0:0) | ||
| R | Spartak Moskva | - | Villarreal CF | 2:2 (2:1) | ||
| H: 17.07.2004 22:00 | R: 24.07.2004 17:00 | Sieger: Villarreal CF | ||||
| H | FK Vetra | - | Esbjerg fB | 1:1 (0:1) | ||
| R | Esbjerg fB | - | FK Vetra | 4:0 (3:0) | ||
| H: 18.07.2004 17:00 | R: 24.07.2004 15:00 | Sieger: Esbjerg fB | ||||
| H | FC Nantes | - | Cork City | 3:1 (2:0) | ||
| R | Cork City | - | FC Nantes | 1:1 (1:0) | ||
| H: 18.07.2004 18:00 | R: 24.07.2004 20:00 | Sieger: FC Nantes | ||||
| H | Tampere United | - | OFK Beograd | 0:0 (0:0) | ||
| R | OFK Beograd | - | Tampere United | 1:0 (0:0) | ||
| H: 18.07.2004 18:00 | R: 24.07.2004 17:30 | Sieger: OFK Beograd | ||||
