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| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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Fortuna Düsseldorf | 25 | 14 | 6 | 5 | 24:11 | 13 | 48 |
| 2 |
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1. FC Union Berlin | 25 | 11 | 12 | 2 | 23:9 | 14 | 45 |
| 3 |
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Kickers Offenbach | 25 | 10 | 11 | 4 | 22:11 | 11 | 41 |
| 4 |
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SC Paderborn 07 | 25 | 11 | 7 | 7 | 25:17 | 8 | 40 |
| 5 |
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Bayern München II | 25 | 10 | 8 | 7 | 23:14 | 9 | 38 |
| 6 |
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Erzgebirge Aue | 25 | 9 | 8 | 8 | 19:16 | 3 | 35 |
| 7 |
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SV Sandhausen | 25 | 9 | 8 | 8 | 23:23 | 0 | 35 |
| 8 |
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Kickers Emden | 25 | 8 | 11 | 6 | 18:18 | 0 | 35 |
| 9 |
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VfB Stuttgart II | 25 | 9 | 7 | 9 | 22:19 | 3 | 34 |
| 10 |
|
Rot-Weiß Erfurt | 25 | 9 | 7 | 9 | 17:17 | 0 | 34 |
| 11 |
|
Jahn Regensburg | 25 | 8 | 9 | 8 | 19:22 | -3 | 33 |
| 12 |
|
Eintracht Braunschweig | 25 | 6 | 12 | 7 | 12:14 | -2 | 30 |
| 13 |
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Dynamo Dresden | 25 | 6 | 11 | 8 | 12:14 | -2 | 29 |
| 14 |
|
FC Carl Zeiss Jena | 25 | 6 | 10 | 9 | 18:22 | -4 | 28 |
| 15 |
|
Wuppertaler SV | 25 | 5 | 12 | 8 | 13:20 | -7 | 27 |
| 16 |
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VfR Aalen | 25 | 4 | 14 | 7 | 11:16 | -5 | 26 |
| 17 |
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SpVgg Unterhaching | 25 | 5 | 11 | 9 | 14:21 | -7 | 26 |
| 18 |
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Wacker Burghausen | 25 | 5 | 11 | 9 | 17:25 | -8 | 26 |
| 19 |
|
Werder Bremen II | 25 | 5 | 8 | 12 | 17:25 | -8 | 23 |
| 20 |
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Stuttgarter Kickers | 25 | 4 | 9 | 12 | 15:30 | -15 | 21 |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg |
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# Den Stuttgarter Kickers wurden drei Punkte wegen eines nicht fristgerecht zurückgezahlten Darlehens aus dem DFB-Kautionsfond abgezogen. # Kickers Emden hat die Lizenz für die Saison 2009/2010 zurückgezogen und steht somit als Absteiger fest. Infolgedessen hat Wacker Burghausen die Klasse gehalten. |
