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| Tabelle | Heim | » Auswärts | Hinrunde | Rückrunde | 1. Halbzeit | 2. Halbzeit |
| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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1. FC Union Berlin | 16 | 9 | 5 | 2 | 23:10 | 13 | 32 |
| 2 |
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SC Paderborn 07 | 17 | 10 | 1 | 6 | 33:23 | 10 | 31 |
| 3 |
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Fortuna Düsseldorf | 17 | 8 | 2 | 7 | 19:12 | 7 | 26 |
| 4 |
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Kickers Emden | 17 | 6 | 5 | 6 | 16:19 | -3 | 23 |
| 5 |
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SpVgg Unterhaching | 17 | 6 | 4 | 7 | 24:30 | -6 | 22 |
| 6 |
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Bayern München II | 17 | 4 | 9 | 4 | 18:17 | 1 | 21 |
| 7 |
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Erzgebirge Aue | 17 | 5 | 6 | 6 | 23:24 | -1 | 21 |
| 8 |
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Dynamo Dresden | 16 | 5 | 3 | 8 | 17:20 | -3 | 18 |
| 9 |
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SV Sandhausen | 17 | 4 | 6 | 7 | 23:28 | -5 | 18 |
| 10 |
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Jahn Regensburg | 17 | 3 | 8 | 6 | 16:23 | -7 | 17 |
| 11 |
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Rot-Weiß Erfurt | 17 | 4 | 4 | 9 | 14:22 | -8 | 16 |
| 12 |
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VfB Stuttgart II | 16 | 3 | 6 | 7 | 24:26 | -2 | 15 |
| 13 |
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Kickers Offenbach | 16 | 3 | 6 | 7 | 12:18 | -6 | 15 |
| 14 |
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Wuppertaler SV | 16 | 3 | 6 | 7 | 9:17 | -8 | 15 |
| 15 |
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Eintracht Braunschweig | 16 | 4 | 3 | 9 | 12:21 | -9 | 15 |
| 16 |
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FC Carl Zeiss Jena | 16 | 4 | 2 | 10 | 16:27 | -11 | 14 |
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Wacker Burghausen | 16 | 3 | 5 | 8 | 16:27 | -11 | 14 | |
| 18 |
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Stuttgarter Kickers | 17 | 3 | 4 | 10 | 17:37 | -20 | 13 |
| 19 |
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VfR Aalen | 16 | 1 | 6 | 9 | 8:31 | -23 | 9 |
| 20 |
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Werder Bremen II | 16 | 1 | 3 | 12 | 11:29 | -18 | 6 |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg |
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# Den Stuttgarter Kickers wurden drei Punkte wegen eines nicht fristgerecht zurückgezahlten Darlehens aus dem DFB-Kautionsfond abgezogen. # Kickers Emden hat die Lizenz für die Saison 2009/2010 zurückgezogen und steht somit als Absteiger fest. Infolgedessen hat Wacker Burghausen die Klasse gehalten. |
