# Mannschaft Sp. S. U. N. Tore Dif. Pk.
1 SV Sandhausen, Deutschland SV Sandhausen 5 3 1 1 7:3 4 10
2 SC Paderborn 07, Deutschland SC Paderborn 07 5 3 1 1 6:4 2 10
3 Dynamo Dresden, Deutschland Dynamo Dresden 5 2 3 0 4:2 2 9
4 Jahn Regensburg, Deutschland Jahn Regensburg 5 2 2 1 6:5 1 8
5 Bayern München II, Deutschland Bayern München II 5 2 2 1 5:4 1 8
6 Rot-Weiß Erfurt, Deutschland Rot-Weiß Erfurt 5 2 2 1 3:2 1 8
7 VfB Stuttgart II, Deutschland VfB Stuttgart II 5 2 1 2 6:3 3 7
8 FC Carl Zeiss Jena, Deutschland FC Carl Zeiss Jena 5 2 1 2 6:4 2 7
9 Fortuna Düsseldorf, Deutschland Fortuna Düsseldorf 5 2 1 2 4:4 0 7
10 Eintracht Braunschweig, Deutschland Eintracht Braunschweig 5 2 1 2 2:4 -2 7
11 1. FC Union Berlin, Deutschland 1. FC Union Berlin 5 1 3 1 6:4 2 6
12 VfR Aalen, Deutschland VfR Aalen 5 1 3 1 4:3 1 6
13 Kickers Offenbach, Deutschland Kickers Offenbach 5 1 3 1 4:4 0 6
  SpVgg Unterhaching, Deutschland SpVgg Unterhaching 5 1 3 1 4:4 0 6
15 Kickers Emden, Deutschland Kickers Emden 5 0 5 0 3:3 0 5
16 Wacker Burghausen, Deutschland Wacker Burghausen 5 1 2 2 3:5 -2 5
17 Wuppertaler SV, Deutschland Wuppertaler SV 5 0 4 1 3:5 -2 4
18 Stuttgarter Kickers, Deutschland Stuttgarter Kickers 5 0 4 1 1:3 -2 4
19 Werder Bremen II, Deutschland Werder Bremen II 5 1 1 3 5:9 -4 4
20 Erzgebirge Aue, Deutschland Erzgebirge Aue 5 0 1 4 1:8 -7 1
  Aufstieg
  Relegation
  Abstieg

# Den Stuttgarter Kickers wurden drei Punkte wegen eines nicht fristgerecht zurückgezahlten Darlehens aus dem DFB-Kautionsfond abgezogen.

# Kickers Emden hat die Lizenz für die Saison 2009/2010 zurückgezogen und steht somit als Absteiger fest. Infolgedessen hat Wacker Burghausen die Klasse gehalten.

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