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| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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FC Flora | 9 | 8 | 1 | 0 | 29:5 | 24 | 25 |
| 2 |
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FC Levadia | 7 | 6 | 1 | 0 | 31:3 | 28 | 19 |
| 3 |
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JK Nõmme Kalju | 8 | 6 | 1 | 1 | 23:7 | 16 | 19 |
| 4 |
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FC Infonet | 8 | 4 | 2 | 2 | 29:8 | 21 | 14 |
| 5 |
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JK Narva Trans | 7 | 4 | 1 | 2 | 10:6 | 4 | 13 |
| 6 |
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Paide Linnameeskond | 6 | 2 | 2 | 2 | 9:13 | -4 | 8 |
| 7 |
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JK Sillamäe Kalev | 3 | 2 | 1 | 0 | 5:1 | 4 | 7 |
| 8 |
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Tulevik Viljandi | 8 | 2 | 1 | 5 | 7:14 | -7 | 7 |
| 9 |
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JK Tammeka | 6 | 1 | 3 | 2 | 5:7 | -2 | 6 |
| 10 |
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Pärnu JK Vaprus | 8 | 1 | 1 | 6 | 7:24 | -17 | 4 |
| Champions League Quali. | |
| Abstieg |
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# Pärnu Linnameskond wurde am 11. Januar 2017 aufgelöst. Die Erstligalizenz ging an Pärnu JK Vaprus. # JK Sillamäe Kalev steht am Ende der Saison 2017 als einziger Absteiger durch Lizenzentzug fest. |
