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| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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FC Flora | 17 | 14 | 3 | 0 | 52:10 | 42 | 45 |
| 2 |
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JK Nõmme Kalju | 17 | 11 | 3 | 3 | 39:14 | 25 | 36 |
| 3 |
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FC Levadia | 17 | 10 | 5 | 2 | 42:14 | 28 | 35 |
| 4 |
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FC Infonet | 17 | 9 | 2 | 6 | 38:24 | 14 | 29 |
| 5 |
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JK Narva Trans | 17 | 7 | 2 | 8 | 24:27 | -3 | 23 |
| 6 |
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Paide Linnameeskond | 17 | 4 | 5 | 8 | 19:44 | -25 | 17 |
| 7 |
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JK Tammeka | 16 | 4 | 4 | 8 | 19:29 | -10 | 16 |
| 8 |
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JK Sillamäe Kalev | 18 | 4 | 3 | 11 | 26:44 | -18 | 15 |
| 9 |
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Tulevik Viljandi | 17 | 3 | 1 | 13 | 15:62 | -47 | 10 |
| 10 |
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Pärnu JK Vaprus | 17 | 1 | 0 | 16 | 12:72 | -60 | 3 |
| Champions League Quali. | |
| Abstieg |
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# Pärnu Linnameskond wurde am 11. Januar 2017 aufgelöst. Die Erstligalizenz ging an Pärnu JK Vaprus. # JK Sillamäe Kalev steht am Ende der Saison 2017 als einziger Absteiger durch Lizenzentzug fest. |
