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| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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FC Vaduz | 15 | 10 | 4 | 1 | 34:14 | 20 | 34 |
| 2 |
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FC Schaffhausen | 14 | 10 | 2 | 2 | 24:12 | 12 | 32 |
| 3 |
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Yverdon Sport FC | 15 | 9 | 3 | 3 | 33:13 | 20 | 30 |
| 4 |
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FC Concordia Basel | 14 | 9 | 3 | 2 | 29:17 | 12 | 30 |
| 5 |
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FC Malcantone | 14 | 9 | 3 | 2 | 26:14 | 12 | 30 |
| 6 |
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SC Kriens | 15 | 7 | 5 | 3 | 21:15 | 6 | 26 |
| 7 |
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FC Luzern | 15 | 6 | 6 | 3 | 21:15 | 6 | 24 |
| 8 |
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FC Wohlen | 14 | 6 | 6 | 2 | 22:19 | 3 | 24 |
| 9 |
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FC Chiasso | 15 | 7 | 2 | 6 | 22:16 | 6 | 23 |
| 10 |
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AC Bellinzona | 15 | 7 | 1 | 7 | 25:27 | -2 | 22 |
| 11 |
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FC Meyrin | 14 | 6 | 3 | 5 | 21:19 | 2 | 21 |
| 12 |
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FC Baden | 15 | 5 | 3 | 7 | 18:22 | -4 | 18 |
| 13 |
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SR Delémont | 14 | 5 | 3 | 6 | 17:25 | -8 | 18 |
| 14 |
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FC Winterthur | 14 | 3 | 5 | 6 | 17:17 | 0 | 14 |
| 15 |
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FC Bulle | 15 | 2 | 8 | 5 | 22:26 | -4 | 14 |
| 16 |
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FC Sion | 7 | 4 | 1 | 2 | 7:4 | 3 | 13 |
| 17 |
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FC La Chaux-de-Fonds | 15 | 3 | 2 | 10 | 13:26 | -13 | 11 |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg |
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# Der FC Sion stieg erst am 29. Oktober 2003 in die Challenge League ein. Die Nachtragsspiele werden mit Spieltag 35 geführt. Zusätzlich wurden zu den 30 regulären Runden einige Extra-Spieltage (31-34) eingeführt. # Die Saison 2003/2004 in der Schweizer Challenge League wurde mit einem besonderen Modus gespielt. Zwei Klubs spielten innerhalb einer Woche gegeneinander, der Sieger des direkten Duells erhielt dafür zwei Extrapunkte. Nach einer Saison wurde dieses System wieder abgeschafft. |
