| 19. Spieltag | 24.01.2009 | KRC Genk | - | RAEC Mons | 2:0 |  |
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| 20. Spieltag | 01.02.2009 | Sporting Lokeren | - | KRC Genk | 1:2 | ||||
| 21. Spieltag | 07.02.2009 | KRC Genk | - | SV Zulte Waregem | 1:2 | ||||
| 22. Spieltag | 15.02.2009 | Club Brugge KV | - | KRC Genk | 0:2 | ||||
| 23. Spieltag | 20.02.2009 | KRC Genk | - | Excelsior Mouscron | 1:1 | ||||
| 24. Spieltag | 27.02.2009 | KV Mechelen | - | KRC Genk | 2:1 | ||||
| 25. Spieltag | 07.03.2009 | KRC Genk | - | FCV Dender EH | 4:3 | ||||
| 27. Spieltag | 21.03.2009 | KRC Genk | - | AFC Tubize | 3:0 |  |
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| 28. Spieltag | 04.04.2009 | KRC Genk | - | KVC Westerlo | 1:4 | ||||
| 29. Spieltag | 10.04.2009 | KSV Roeselare | - | KRC Genk | 1:0 | ||||
| 30. Spieltag | 17.04.2009 | KRC Genk | - | KAA Gent | 2:2 | |
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| 31. Spieltag | 26.04.2009 | Cercle Brugge | - | KRC Genk | 1:2 | |
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| 32. Spieltag | 03.05.2009 | KRC Genk | - | KV Kortrijk | 0:1 | |
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| 33. Spieltag | 09.05.2009 | Sporting Charleroi | - | KRC Genk | 3:0 | |
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