| 14. Spieltag | 16.11.2016 | KF Shkëndija 79 | - | FK Bregalnica Štip | 5:2 | ||||
| 15. Spieltag | 20.11.2016 | Makedonija GP | - | KF Shkëndija 79 | 0:4 | ||||
| 17. Spieltag | 30.11.2016 | FK Renova | - | KF Shkëndija 79 | 1:2 | ||||
| 19. Spieltag | 19.02.2017 | KF Shkëndija 79 | - | Sileks Kratovo | 2:0 | ||||
| 22. Spieltag | 12.03.2017 | KF Shkëndija 79 | - | FK Pobeda Junior | 4:0 | ||||
| 24. Spieltag | 02.04.2017 | KF Shkëndija 79 | - | Makedonija GP | 5:1 | ||||
| 26. Spieltag | 09.04.2017 | KF Shkëndija 79 | - | FK Renova | 1:1 | ||||
| 28. Spieltag | 23.04.2017 | Sileks Kratovo | - | KF Shkëndija 79 | 1:1 | ||||
| 30. Spieltag | 30.04.2017 | KF Shkupi | - | KF Shkëndija 79 | 1:1 | ||||
| 31. Spieltag | 03.05.2017 | FK Pobeda Junior | - | KF Shkëndija 79 | 1:0 | ||||
| 32. Spieltag | 07.05.2017 | KF Shkëndija 79 | - | FK Bregalnica Štip | 3:0 | ||||
| 34. Spieltag | 21.05.2017 | KF Shkëndija 79 | - | FK Rabotnički | 2:2 |  |
|||
| 35. Spieltag | 28.05.2017 | FK Renova | - | KF Shkëndija 79 | 4:4 | ||||
| 36. Spieltag | 31.05.2017 | KF Shkëndija 79 | - | FK Pelister | 3:1 |
Nordmazedonien