| 11. Spieltag | 03.09.2016 | Spartak Moskva 2 | - | Zenit St. Petersburg 2 | 4:1 |  |
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| 16. Spieltag | 08.10.2016 | Zenit St. Petersburg 2 | - | Sibir Novosibirsk | 3:1 | ||||
| 18. Spieltag | 22.10.2016 | Zenit St. Petersburg 2 | - | Kuban Krasnodar (1928-2018) | 0:4 |  |
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| 19. Spieltag | 30.10.2016 | Fakel Voronezh | - | Zenit St. Petersburg 2 | 1:0 | ||||
| 20. Spieltag | 05.11.2016 | Zenit St. Petersburg 2 | - | Shinnik Yaroslavl | 1:1 | ||||
| 30. Spieltag | 08.04.2017 | FK Tosno | - | Zenit St. Petersburg 2 | 4:1 | ||||
| 38. Spieltag | 20.05.2017 | Sokol Saratov | - | Zenit St. Petersburg 2 | 0:3 |
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