| 1. Spieltag | 24.08.2024 | UD Ibiza | - | Villarreal CF B | 1:1 | ||||
| 3. Spieltag | 07.09.2024 | Villarreal CF B | - | Real Madrid Castilla | 1:1 | ||||
| 4. Spieltag | 14.09.2024 | Antequera CF | - | Villarreal CF B | 2:0 | ||||
| 5. Spieltag | 22.09.2024 | Villarreal CF B | - | Recreativo Huelva | 1:0 | ||||
| 6. Spieltag | 29.09.2024 | Algeciras CF | - | Villarreal CF B | 1:1 | ||||
| 7. Spieltag | 06.10.2024 | Mérida AD | - | Villarreal CF B | 1:1 | ||||
| 8. Spieltag | 13.10.2024 | Villarreal CF B | - | Atlético Sanluqueño CF | 1:1 | ||||
| 9. Spieltag | 18.10.2024 | Sevilla Atlético | - | Villarreal CF B | 2:1 | ||||
| 14. Spieltag | 24.11.2024 | Villarreal CF B | - | Atlético Madrid B | 3:2 | ||||
| 15. Spieltag | 01.12.2024 | AD Ceuta FC | - | Villarreal CF B | 1:1 | ||||
| 17. Spieltag | 15.12.2024 | CF Intercity | - | Villarreal CF B | 2:2 | ||||
| 23. Spieltag | 09.02.2025 | Recreativo Huelva | - | Villarreal CF B | 3:3 | ||||
| 24. Spieltag | 16.02.2025 | Villarreal CF B | - | CD Alcoyano | 3:0 | ||||
| 26. Spieltag | 02.03.2025 | Villarreal CF B | - | AD Ceuta FC | 0:1 |  |
|||
| 37. Spieltag | 17.05.2025 | Villarreal CF B | - | Sevilla Atlético | 3:0 | ||||
| 38. Spieltag | 24.05.2025 | Real Betis B | - | Villarreal CF B | 0:3 |
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