| 1. Spieltag | 30.08.2008 | Panthrakikos | - | Ergotelis | 1:2 | ||||
| 2. Spieltag | 13.09.2008 | Panathinaikos | - | Panthrakikos | 3:0 | ||||
| 3. Spieltag | 20.09.2008 | Panthrakikos | - | PAOK Saloniki | 0:1 | ||||
| 4. Spieltag | 28.09.2008 | Iraklis Saloniki | - | Panthrakikos | 0:0 | ||||
| 8. Spieltag | 02.11.2008 | Panthrakikos | - | Thrasyvoulos Fylis | 1:0 | ||||
| 16. Spieltag | 03.01.2009 | Ergotelis | - | Panthrakikos | 0:1 |  |
|||
| 17. Spieltag | 10.01.2009 | Panthrakikos | - | Panathinaikos | 1:3 | |
|||
| 18. Spieltag | 18.01.2009 | PAOK Saloniki | - | Panthrakikos | 2:0 | ||||
| 20. Spieltag | 01.02.2009 | Panionios GSS | - | Panthrakikos | 3:0 | ||||
| 21. Spieltag | 07.02.2009 | Panthrakikos | - | Olympiakos Piraeus | 0:2 | ||||
| 30. Spieltag | 26.04.2009 | Aris Saloniki | - | Panthrakikos | 3:2 |
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