| 18. Spieltag | 11.12.2016 | FC Wohlen | - | FC Schaffhausen | 4:0 | ||||
| 20. Spieltag | 01.03.2017 | FC Schaffhausen | - | FC Wil 1900 | 3:0 | ||||
| 24. Spieltag | 11.03.2017 | FC Schaffhausen | - | FC Le Mont | 2:2 | ||||
| 27. Spieltag | 08.04.2017 | FC Schaffhausen | - | FC Chiasso | 5:0 | ||||
| 29. Spieltag | 23.04.2017 | FC Le Mont | - | FC Schaffhausen | 0:2 | ||||
| 30. Spieltag | 01.05.2017 | FC Schaffhausen | - | Servette FC | 2:1 |  |
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| 33. Spieltag | 18.05.2017 | FC Schaffhausen | - | Neuchâtel Xamax FCS | 2:1 | |
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| 34. Spieltag | 21.05.2017 | FC Winterthur | - | FC Schaffhausen | 1:3 | ||||
| 36. Spieltag | 03.06.2017 | FC Wil 1900 | - | FC Schaffhausen | 2:1 |
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