| 4. Spieltag | 28.08.2016 | KF Shkëndija 79 | - | FK Pobeda Junior | 3:1 |  |
|||
| 5. Spieltag | 11.09.2016 | FK Bregalnica Štip | - | KF Shkëndija 79 | 1:1 | ||||
| 10. Spieltag | 16.10.2016 | Sileks Kratovo | - | KF Shkëndija 79 | 1:3 | ||||
| 11. Spieltag | 23.10.2016 | KF Shkëndija 79 | - | Vardar Skopje | 0:2 | ||||
| 12. Spieltag | 30.10.2016 | KF Shkupi | - | KF Shkëndija 79 | 0:0 | ||||
| 15. Spieltag | 20.11.2016 | Makedonija GP | - | KF Shkëndija 79 | 0:4 | ||||
| 16. Spieltag | 27.11.2016 | KF Shkëndija 79 | - | FK Rabotnički | 2:2 |
Nordmazedonien