| 1. Spieltag | 05.03.2016 | FK Atlantas | - | FC Stumbras | 2:0 | ||||
| 2. Spieltag | 09.03.2016 | FK Sūduva | - | FK Atlantas | 1:0 |  |
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| 3. Spieltag | 16.03.2016 | FK Atlantas | - | Utenis Utena | 1:0 | ||||
| 4. Spieltag | 20.03.2016 | FK Jonava | - | FK Atlantas | 0:1 | |
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| 5. Spieltag | 02.04.2016 | FK Atlantas | - | Kauno Žalgiris | 3:1 | ||||
| 6. Spieltag | 06.04.2016 | FK Atlantas | - | FK Žalgiris | 2:1 | ||||
| 7. Spieltag | 17.04.2016 | FK Trakai | - | FK Atlantas | 2:0 | |
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| 8. Spieltag | 21.04.2016 | FC Stumbras | - | FK Atlantas | 2:3 | ||||
| 9. Spieltag | 27.04.2016 | FK Atlantas | - | FK Sūduva | 1:2 | ||||
| 10. Spieltag | 05.05.2016 | Utenis Utena | - | FK Atlantas | 0:2 | ||||
| 11. Spieltag | 08.05.2016 | FK Atlantas | - | FK Jonava | 2:0 | ||||
| 12. Spieltag | 17.05.2016 | Kauno Žalgiris | - | FK Atlantas | 0:2 | ||||
| 13. Spieltag | 21.05.2016 | FK Žalgiris | - | FK Atlantas | 1:0 | ||||
| 14. Spieltag | 09.06.2016 | FK Atlantas | - | FK Trakai | 2:2 | |
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| 16. Spieltag | 24.06.2016 | FK Sūduva | - | FK Atlantas | 3:3 |
Litauen