| 1. Spieltag | 15.08.2008 | 1. FSV Mainz 05 | - | 1. FC Kaiserslautern | 3:3 |  |
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| 2. Spieltag | 24.08.2008 | TSV 1860 München | - | 1. FSV Mainz 05 | 1:2 | ||||
| 4. Spieltag | 14.09.2008 | Hansa Rostock | - | 1. FSV Mainz 05 | 2:2 | |
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| 7. Spieltag | 06.10.2008 | 1. FSV Mainz 05 | - | SV Wehen Wiesbaden | 5:0 | ||||
| 9. Spieltag | 26.10.2008 | 1. FSV Mainz 05 | - | MSV Duisburg | 0:0 | ||||
| 11. Spieltag | 02.11.2008 | Rot Weiss Ahlen | - | 1. FSV Mainz 05 | 0:2 | ||||
| 12. Spieltag | 09.11.2008 | 1. FSV Mainz 05 | - | FC Ingolstadt 04 | 0:3 | ||||
| 15. Spieltag | 01.12.2008 | FSV Frankfurt | - | 1. FSV Mainz 05 | 1:4 | ||||
| 16. Spieltag | 05.12.2008 | 1. FSV Mainz 05 | - | SpVgg Greuther Fürth | 0:1 | ||||
| 19. Spieltag | 08.02.2009 | 1. FSV Mainz 05 | - | TSV 1860 München | 2:2 | ||||
| 20. Spieltag | 15.02.2009 | VfL Osnabrück | - | 1. FSV Mainz 05 | 1:3 | ||||
| 28. Spieltag | 17.04.2009 | 1. FSV Mainz 05 | - | Rot Weiss Ahlen | 0:0 |
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