| 24. Spieltag | 29.01.2000 | Villarreal CF | - | Albacete | 2:0 |  |
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| 25. Spieltag | 06.02.2000 | CD Badajoz | - | Villarreal CF | 1:1 | ||||
| 26. Spieltag | 13.02.2000 | Villarreal CF | - | Getafe CF | 2:1 |  |
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| 28. Spieltag | 27.02.2000 | Villarreal CF | - | Elche CF | 1:0 |  |
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| 30. Spieltag | 12.03.2000 | Levante UD | - | Villarreal CF | 0:0 | ||||
| 31. Spieltag | 19.03.2000 | Villarreal CF | - | CD Tenerife | 0:0 | |
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| 32. Spieltag | 26.03.2000 | Sporting Gijón | - | Villarreal CF | 1:2 | |
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| 33. Spieltag | 02.04.2000 | Villarreal CF | - | Recreativo Huelva | 1:1 | |
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| 34. Spieltag | 09.04.2000 | CD Toledo | - | Villarreal CF | 1:3 | ||||
| 36. Spieltag | 23.04.2000 | Atlético Madrid B | - | Villarreal CF | 1:4 | ||||
| 37. Spieltag | 30.04.2000 | Villarreal CF | - | CD Leganés | 2:0 | |
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| 38. Spieltag | 07.05.2000 | CA Osasuna | - | Villarreal CF | 3:1 | |
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| 40. Spieltag | 20.05.2000 | Córdoba CF | - | Villarreal CF | 2:4 | |
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| 41. Spieltag | 28.05.2000 | Villarreal CF | - | UD Las Palmas | 1:1 | ||||
| 42. Spieltag | 04.06.2000 | CD Logroñés | - | Villarreal CF | 1:0 | |
Spanien