| 1. Spieltag | 05.03.2016 | FC Levadia | - | FC Flora | 0:0 |  |
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| 3. Spieltag | 12.03.2016 | FC Flora | - | JK Narva Trans | 3:0 | ||||
| 4. Spieltag | 19.03.2016 | JK Nõmme Kalju | - | FC Flora | 2:0 | ||||
| 6. Spieltag | 04.04.2016 | FC Flora | - | JK Tammeka | 0:0 | ||||
| 10. Spieltag | 29.04.2016 | FC Flora | - | Pärnu Linnameeskond | 6:0 | ||||
| 12. Spieltag | 13.05.2016 | JK Sillamäe Kalev | - | FC Flora | 2:4 | ||||
| 13. Spieltag | 16.05.2016 | FC Flora | - | JK Tammeka | 0:0 | ||||
| 16. Spieltag | 19.06.2016 | Rakvere JK Tarvas | - | FC Flora | 0:5 | ||||
| 18. Spieltag | 10.07.2016 | FC Infonet | - | FC Flora | 4:3 | ||||
| 20. Spieltag | 22.07.2016 | JK Tammeka | - | FC Flora | 0:4 | ||||
| 21. Spieltag | 29.07.2016 | Paide Linnameeskond | - | FC Flora | 0:3 | ||||
| 19. Spieltag | 01.08.2016 | FC Flora | - | FC Levadia | 6:1 | ||||
| 23. Spieltag | 12.08.2016 | FC Flora | - | Pärnu Linnameeskond | 3:0 | ||||
| 34. Spieltag | 22.10.2016 | FC Flora | - | Paide Linnameeskond | 4:0 | ||||
| 35. Spieltag | 29.10.2016 | FC Flora | - | JK Sillamäe Kalev | 3:3 |
Estland