| 1. Spieltag | 11.07.2016 | FK Tosno | - | FK Khimki | 1:1 |  |
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| 2. Spieltag | 16.07.2016 | Sibir Novosibirsk | - | FK Tosno | 0:1 | ||||
| 3. Spieltag | 23.07.2016 | FK Tosno | - | Mordovia Saransk | 1:0 | ||||
| 4. Spieltag | 27.07.2016 | Kuban Krasnodar (1928-2018) | - | FK Tosno | 1:1 | ||||
| 5. Spieltag | 31.07.2016 | FK Tosno | - | Fakel Voronezh | 3:1 | |
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| 6. Spieltag | 06.08.2016 | Sokol Saratov | - | FK Tosno | 1:2 |  |
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| 7. Spieltag | 13.08.2016 | FK Tosno | - | Shinnik Yaroslavl | 0:0 | ||||
| 15. Spieltag | 02.10.2016 | FK Tosno | - | Luch-Energiya Vladivostok | 1:2 | ||||
| 18. Spieltag | 22.10.2016 | FK Tosno | - | FK Tambov | 2:0 | ||||
| 19. Spieltag | 30.10.2016 | SKA-Khabarovsk | - | FK Tosno | 1:0 | ||||
| 22. Spieltag | 13.11.2016 | FK Tosno | - | Kuban Krasnodar (1928-2018) | 0:0 | |
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| 23. Spieltag | 19.11.2016 | Fakel Voronezh | - | FK Tosno | 0:0 | ||||
| 24. Spieltag | 26.11.2016 | FK Tosno | - | Sokol Saratov | 5:2 | |
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