| 3. Spieltag | 26.08.2018 | 1. FC Union Berlin | - | FC St. Pauli | 4:1 |  |
|||
| 4. Spieltag | 02.09.2018 | FC St. Pauli | - | 1. FC Köln | 3:5 | |
|||
| 5. Spieltag | 16.09.2018 | Erzgebirge Aue | - | FC St. Pauli | 3:1 | |
|||
| 6. Spieltag | 21.09.2018 | FC Ingolstadt 04 | - | FC St. Pauli | 0:1 | ||||
| 7. Spieltag | 26.09.2018 | FC St. Pauli | - | SC Paderborn 07 | 2:1 | ||||
| 8. Spieltag | 30.09.2018 | Hamburger SV | - | FC St. Pauli | 0:0 | ||||
| 9. Spieltag | 07.10.2018 | FC St. Pauli | - | SV Sandhausen | 3:1 | ||||
| 10. Spieltag | 22.10.2018 | MSV Duisburg | - | FC St. Pauli | 0:1 | ||||
| 11. Spieltag | 28.10.2018 | FC St. Pauli | - | Holstein Kiel | 0:1 | ||||
| 12. Spieltag | 04.11.2018 | Arminia Bielefeld | - | FC St. Pauli | 1:2 | ||||
| 13. Spieltag | 10.11.2018 | FC St. Pauli | - | 1. FC Heidenheim 1846 | 1:1 | |
 |
||
| 14. Spieltag | 25.11.2018 | Jahn Regensburg | - | FC St. Pauli | 1:1 | |
|||
| 15. Spieltag | 01.12.2018 | FC St. Pauli | - | Dynamo Dresden | 1:1 | ||||
| 16. Spieltag | 10.12.2018 | VfL Bochum | - | FC St. Pauli | 1:3 | |
|
||
| 17. Spieltag | 15.12.2018 | FC St. Pauli | - | SpVgg Greuther Fürth | 2:0 | ||||
| 18. Spieltag | 22.12.2018 | FC St. Pauli | - | 1. FC Magdeburg | 4:1 | |
Niederlande