| 3. Runde | 28.10.1998 | Talavera CF | - | Villarreal CF | 0:1 | ||||
| 3. Runde | 11.11.1998 | Villarreal CF | - | Talavera CF | 3:0 | ||||
| 4. Runde | 13.01.1999 | Sevilla FC | - | Villarreal CF | 1:3 |  |
|||
| Achtelfinale | 21.01.1999 | Real Madrid | - | Villarreal CF | 2:0 | ||||
| Achtelfinale | 03.02.1999 | Villarreal CF | - | Real Madrid | 0:2 |
Serbien