| 29. Spieltag | 05.03.2000 | CF Extremadura | - | Villarreal CF | 4:1 | ||||
| 31. Spieltag | 19.03.2000 | Villarreal CF | - | CD Tenerife | 0:0 | ||||
| 32. Spieltag | 26.03.2000 | Sporting Gijón | - | Villarreal CF | 1:2 | ||||
| 33. Spieltag | 02.04.2000 | Villarreal CF | - | Recreativo Huelva | 1:1 |  |
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| 35. Spieltag | 16.04.2000 | Villarreal CF | - | CP Mérida | 1:0 | ||||
| 36. Spieltag | 23.04.2000 | Atlético Madrid B | - | Villarreal CF | 1:4 | ||||
| 37. Spieltag | 30.04.2000 | Villarreal CF | - | CD Leganés | 2:0 | ||||
| 39. Spieltag | 13.05.2000 | Villarreal CF | - | SD Compostela | 1:1 | |
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| 40. Spieltag | 20.05.2000 | Córdoba CF | - | Villarreal CF | 2:4 | ||||
| 41. Spieltag | 28.05.2000 | Villarreal CF | - | UD Las Palmas | 1:1 | |
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| 42. Spieltag | 04.06.2000 | CD Logroñés | - | Villarreal CF | 1:0 |
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