| 17. Spieltag | 01.03.2025 | SFC Opava | - | FK Varnsdorf | 0:1 |  |
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| 18. Spieltag | 09.03.2025 | FK Varnsdorf | - | Zbrojovka Brno | 0:3 | ||||
| 19. Spieltag | 16.03.2025 | FK Varnsdorf | - | AC Sparta Praha B | 2:1 | |
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| 20. Spieltag | 29.03.2025 | MFK Chrudim | - | FK Varnsdorf | 2:1 | |
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| 21. Spieltag | 06.04.2025 | FK Varnsdorf | - | SK Líšeň | 2:1 | |
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| 23. Spieltag | 16.04.2025 | FK Varnsdorf | - | FK MAS Táborsko | 1:2 | |
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| 24. Spieltag | 20.04.2025 | Sigma Olomouc B | - | FK Varnsdorf | 0:3 | |
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| 25. Spieltag | 27.04.2025 | FK Varnsdorf | - | 1. SK Prostějov | 1:0 | ||||
| 26. Spieltag | 02.05.2025 | FC Zlín | - | FK Varnsdorf | 2:0 | ||||
| 27. Spieltag | 07.05.2025 | FK Varnsdorf | - | Vysočina Jihlava | 2:2 | ||||
| 28. Spieltag | 11.05.2025 | FC Sellier & Bellot Vlašim | - | FK Varnsdorf | 1:1 |
Tschechien