| 1. Spieltag | 23.08.1998 | Panathinaikos | - | Paniliakos Pyrgos | 2:1 | ||||
| 2. Spieltag | 30.08.1998 | AO Proodeftiki | - | Panathinaikos | 1:2 | ||||
| 3. Spieltag | 13.09.1998 | Panathinaikos | - | Ethnikos Asteras | 4:1 | ||||
| 4. Spieltag | 20.09.1998 | PAOK Saloniki | - | Panathinaikos | 2:0 | ||||
| 5. Spieltag | 26.09.1998 | Panathinaikos | - | Ionikos Nikea | 2:1 | ||||
| 7. Spieltag | 26.10.1998 | Panathinaikos | - | AO Kavala | 6:2 | ||||
| 8. Spieltag | 31.10.1998 | Panathinaikos | - | Panionios GSS | 2:1 | ||||
| 9. Spieltag | 08.11.1998 | Ethnikos Piraeus | - | Panathinaikos | 0:0 | ||||
| 10. Spieltag | 21.11.1998 | Panathinaikos | - | Iraklis Saloniki | 3:2 | ||||
| 11. Spieltag | 29.11.1998 | Skoda Xanthi | - | Panathinaikos | 1:0 | ||||
| 12. Spieltag | 05.12.1998 | Panathinaikos | - | Olympiakos Piraeus | 2:4 | ||||
| 13. Spieltag | 13.12.1998 | AEK Athen | - | Panathinaikos | 2:0 | ||||
| 22. Spieltag | 07.03.1999 | Ionikos Nikea | - | Panathinaikos | 4:4 |  |
|||
| 23. Spieltag | 14.03.1999 | Panathinaikos | - | Aris Saloniki | 3:1 | ||||
| 24. Spieltag | 20.03.1999 | AO Kavala | - | Panathinaikos | 2:1 |
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