| 16. Spieltag | 23.01.1999 | Olympiakos Piraeus | - | Panionios GSS | 5:0 | ||||
| 17. Spieltag | 30.01.1999 | Panionios GSS | - | PAOK Saloniki | 0:1 | ||||
| 22. Spieltag | 08.03.1999 | Panelefsiniakos Elefsinas | - | Panionios GSS | 1:0 | ||||
| 23. Spieltag | 14.03.1999 | Panionios GSS | - | AO Kavala | 1:2 | ||||
| 24. Spieltag | 21.03.1999 | Veria FC | - | Panionios GSS | 3:1 |  |
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| 25. Spieltag | 03.04.1999 | Panionios GSS | - | Panathinaikos | 0:2 | |
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| 28. Spieltag | 02.05.1999 | Paniliakos Pyrgos | - | Panionios GSS | 2:0 | ||||
| 29. Spieltag | 08.05.1999 | Panionios GSS | - | Iraklis Saloniki | 3:2 | ||||
| 31. Spieltag | 16.05.1999 | Panionios GSS | - | Skoda Xanthi | 0:2 |
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