| 1. Spieltag | 25.08.2012 | Levadiakos | - | Panathinaikos | 0:1 |  |
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| 3. Spieltag | 15.09.2012 | Panthrakikos | - | Panathinaikos | 1:0 | ||||
| 4. Spieltag | 24.09.2012 | Panathinaikos | - | Atromitos | 1:1 | ||||
| 5. Spieltag | 30.09.2012 | Panathinaikos | - | Asteras Tripolis | 0:0 | ||||
| 6. Spieltag | 07.10.2012 | Skoda Xanthi | - | Panathinaikos | 1:2 | ||||
| 9. Spieltag | 04.11.2012 | Panathinaikos | - | AEK Athen | 1:0 | ||||
| 10. Spieltag | 12.11.2012 | AO Kerkyra | - | Panathinaikos | 0:0 | ||||
| 11. Spieltag | 18.11.2012 | Panathinaikos | - | PAOK Saloniki | 2:0 |  |
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| 12. Spieltag | 25.11.2012 | Platanias Chanion | - | Panathinaikos | 2:1 | |
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| 13. Spieltag | 02.12.2012 | Panionios GSS | - | Panathinaikos | 1:2 | |
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| 14. Spieltag | 09.12.2012 | Panathinaikos | - | Olympiakos Piraeus | 2:2 | ||||
| 15. Spieltag | 16.12.2012 | Veria FC | - | Panathinaikos | 3:0 | ||||
| 18. Spieltag | 19.01.2013 | Panathinaikos | - | Panthrakikos | 1:1 | ||||
| 19. Spieltag | 27.01.2013 | Atromitos | - | Panathinaikos | 1:2 |
Tschechien