| 1. Spieltag | 05.03.2016 | FC Levadia | - | FC Flora | 0:0 | ||||
| 2. Spieltag | 08.03.2016 | FC Flora | - | Rakvere JK Tarvas | 6:0 | ||||
| 6. Spieltag | 04.04.2016 | FC Flora | - | JK Tammeka | 0:0 | ||||
| 14. Spieltag | 24.05.2016 | JK Narva Trans | - | FC Flora | 1:2 | ||||
| 16. Spieltag | 19.06.2016 | Rakvere JK Tarvas | - | FC Flora | 0:5 | ||||
| 18. Spieltag | 10.07.2016 | FC Infonet | - | FC Flora | 4:3 | ||||
| 23. Spieltag | 12.08.2016 | FC Flora | - | Pärnu Linnameeskond | 3:0 | ||||
| 24. Spieltag | 16.08.2016 | Rakvere JK Tarvas | - | FC Flora | 1:4 | ||||
| 25. Spieltag | 19.08.2016 | JK Sillamäe Kalev | - | FC Flora | 1:4 | ||||
| 30. Spieltag | 16.09.2016 | JK Tammeka | - | FC Flora | 3:2 | ||||
| 31. Spieltag | 23.09.2016 | FC Flora | - | Rakvere JK Tarvas | 4:0 |  |
|||
| 32. Spieltag | 01.10.2016 | Pärnu Linnameeskond | - | FC Flora | 1:6 | ||||
| 34. Spieltag | 22.10.2016 | FC Flora | - | Paide Linnameeskond | 4:0 | ||||
| 36. Spieltag | 05.11.2016 | FC Levadia | - | FC Flora | 2:1 |
Estland