| 5. Spieltag | 21.09.2016 | SG Wattenscheid 09 | - | 1. FC Köln II | 0:1 | ||||
| 11. Spieltag | 01.10.2016 | Viktoria Köln | - | 1. FC Köln II | 2:4 | ||||
| 12. Spieltag | 07.10.2016 | 1. FC Köln II | - | Fortuna Düsseldorf II | 0:0 | ||||
| 13. Spieltag | 15.10.2016 | Rot-Weiss Essen | - | 1. FC Köln II | 5:2 | ||||
| 14. Spieltag | 22.10.2016 | 1. FC Köln II | - | SV Rödinghausen | 0:3 | ||||
| 16. Spieltag | 05.11.2016 | 1. FC Köln II | - | SC Verl | 2:0 |  |
|||
| 17. Spieltag | 12.11.2016 | Alemannia Aachen | - | 1. FC Köln II | 3:2 | ||||
| 3. Spieltag | 19.11.2016 | 1. FC Köln II | - | Bor. Mönchengladbach II | 1:1 | ||||
| 26. Spieltag | 13.02.2017 | 1. FC Köln II | - | Bonner SC | 2:0 | |
|||
| 29. Spieltag | 22.03.2017 | Fortuna Düsseldorf II | - | 1. FC Köln II | 1:2 |  |
|||
| 32. Spieltag | 06.05.2017 | 1. FC Köln II | - | Rot Weiss Ahlen | 4:2 | |
|||
| 33. Spieltag | 13.05.2017 | SC Verl | - | 1. FC Köln II | 1:1 |
Deutschland