| 4. Spieltag | 16.09.2006 | Aris Saloniki | - | Ionikos Nikea | 1:0 | ||||
| 5. Spieltag | 24.09.2006 | Ionikos Nikea | - | AE Lárissa | 1:2 | ||||
| 6. Spieltag | 01.10.2006 | AO Kerkyra | - | Ionikos Nikea | 2:0 |  |
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| 7. Spieltag | 21.10.2006 | Ionikos Nikea | - | AO Egaleo | 0:1 | ||||
| 8. Spieltag | 29.10.2006 | Ionikos Nikea | - | Atromitos | 1:4 | |
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| 10. Spieltag | 12.11.2006 | Ionikos Nikea | - | Panionios GSS | 1:1 | ||||
| 12. Spieltag | 26.11.2006 | Ionikos Nikea | - | OFI Heraklion | 0:2 |
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